En plus d'introduire de nouveaux personnages et de nouvelles situations, Stargate Atlantis a pris le risque de modifier l'élément central de la série, qui lui a d'ailleurs donné son nom : la Porte des Etoiles, ou Stargate !

C'est l'une des gandes nouveautés du spin-off, et la majorité des fans ont adhéré à ce changement : la galaxie de Pégase est donc équipée de Portes des Etoiles quelque peu différentes de celles disposées dans la Voie Lactée.
Alors que les chevrons de la Porte de SG-1 étaient colorés de teintes de rouge, les chevrons de Pégase ainsi que les DHD sont d'une couleur bleue foncée.

Mais avant tout, qu'est-ce qu'une Porte des Etoiles ?!? Petit récapitulatif pour les nouveaux venus.

La Porte des Etoiles est un fabuleux moyen de transport inventé par les Anciens, un peuple technologiquement très avancé : une Porte permet de voyager d'un endroit à une autre. il y'a généralement une porte par planète.
Pour se rendre sur une planète, il faut composer ses coordonnées composées de 7 symboles sur le DHD : ainsi 7 des chevrons de la Porte vont se verrouiller et créer un vortex de transport. La Porte possède 9 chevrons, le huitième permettant des voyages encore plus loin (changement de galaxie) et le neuvième ayant encore une fonction inconnue (probablement voyage dans le temps ou dans les réalités alternatives).
Les Anciens ont donc disposé ces Portes dans plusieurs galaxies (probablement à l'aide de vaisseaux) afin de faciliter les voyages spatiaux et de rencontrer d'autres peuples.

Le fonctionnement du Stargate (Porte des Etoiles) est très complexe mais pour simplifier, une fois le vortex franchit (il ressemble à une mare d'eau à la verticale), les molécules du corps sont dispersées pour être ensuite réassemblées par la Porte d'arrivée : le voyage dure une quinzaine de secondes mais on a l'impression que cela est instantané. Le vortex est à sens unique pour tous les objets, c'est à dire que si quelqu'un tente de franchir le vortex du côté de la porte d'arrivée, il sera tué ; en revanche les ondes radio et les données "virtuelles" (transmission informatique par exemple) peuvent se faire dans les deux sens. La Porte demande bien sur une énergie colossale pour être activée : elle lui est fournie par le cristal maître située au sein du DHD.

Certains ajouts peuvent être réalisés sur les Portes : par exemple, les Terriens ont eu l'idée dans SG-1 d'un iris venant se placer contre le vortex et empêchant toute personne (ou objet) indésirable de se rematérialiser à l'arrivée (ce qui entraine bien évidemment une mort immédiate). Les Anciens ont également eu cette idée qu'ils ont concrétisé avec un bouclier d'éngerie qui a la même fonction (pour le moment, seule la Porte d'Atlantis a cette fonction). De plus, dans la galaxie de Pégase, certaines Portes ont même été disposées en orbite autour de planètes : elles sont maintenues grâce à trois stabilisateurs et ne sont donc accessibles que par vaisseau.

Le DHD reprend globalement la forme de SG-1, si ce n'est que son cristal central est bleu : le principe reste le même, il faut appuyer sur 7 symboles et valider ensuite l'adresse grâce au cristal central.