Colonel Dillon Everett - Clayton Landey
Docteur Zelenka - David Nykl
Prenum - Chris Britton
Docteur Beckett - Paul McGillion

La première tentative pour détruire les vaisseaux ruches a échoué. Elizabeth Weir ordonne l'évacuation, mais un vortex s'ouvre alors depuis la Terre : le Colonel Everett, de nombreux hommes et du matériel sont envoyés avec un seul ordre, protéger Atlantis en attendant l'arrivée du Daedalus, le nouveau vaisseau terrien !

McKay est de retour sur Atlantis : Weir l'informe que les Wraith ont ralenti l'allure mais sont toujours en route pour les attaquer. Ford arrive à la salle de commandes pour signaler que le dernier groupe est prêt pour l'évacuation. Weir et Sheppard activent alors l'autodestruction de la cité et l'alarme se met à retentir : pendant ce temps, Rodney commence à composer les coordonnées du site Alpha mais il est interrompu par un vortex entrant. Le code correspond à celui de la Terre, et toute une équipe militaire avec du matériel franchit la Porte. Le chef se présente à eux comme étant le colonel Everett : il vient relever le docteur Weir et ses ordres sont de défendre Atlantis à tout prix contre les Wraith !

Générique

Weir veut protester mais Everett lui tend alors un papier signé de la main du général O'Neill : le colonel explique que des archéologues ont trouvé un ZPM en Egypte et que celui-ci est en route pour Atlantis à bord du Deadalus, le nouveau vaisseau spatial terrien, et qu'il sera sur place en 4 jours. Il ordonne alors à Sheppard de rappeler tout le personnel militaire du site alpha et se rendre à un briefing stratégique, sans oublier de couper l'autodestruction.
Dans la salle de réunion, Everett explique à Ford qu'ils ont amené des canons d'énergie prévus pour la prochaine révision du Prométhée et qui leur permettront de riposter. Sheppard et Weir arrivent mais le major n'a toujours pas contacté le site alpha : en effet Elisabeth veut s'entretenir avec le colonel sur le fait qu'il est là depuis peu et ne connaît donc pas bien la situation. Sheppard soutient Elisabeth qui veut savoir quelle est la stratégie adoptée pour défendre la cité : Everett cède et lui propose de s'asseoir. Pendant ce temps, McKay et les autres scientifiques sont frustrés de ne pas être conviés à la réunion jusqu'à ce qu'ils aperçoivent des bombes portant le symbole du nucléaire. Everett explique qu'ils ont aussi amené 6 têtes nucléaires renforcées au naquadah et invisibles au radar : elles seront déployées dans l'espace et déclenchées lorsque les vaisseaux Wraith seront à proximité. Le colonel veut également utiliser la chaise Ancienne découverte précédemment en utilisant un générateur au naquadah de type 2, dont la puissance a été augmentée de 600% ! Tous approuvent et Sheppard part contacter le site Alpha tandis que Everett le prévient qu'il ne lui donnera plus jamais deux fois le même ordre. Dans la cité, tout le monde s'active : les militaires déploient leurs armes, Sheppard forme des pilotes pour les Puddle Jumpers, McKay et Zelenka travaillent sur la chaise, les mines sont déployées dans l'espace et chaque personne pouvant se battre est armée.
Alors que Teyla s'entraîne au corps à corps, Everett lui rend visite et veut qu'elle reste à l'écart des militaires, craignant l'influence des Wraith sur son esprit. Beckett est de nouveau réquisitionné pour faire fonctionner la chaise, bien qu'il soit très réticent : il arrive toutefois à se concentrer suffisamment pour alimenter la chaise. McKay analyse les données et part précipitamment de la salle, apparemment inquiet. Il part informer Weir et Everett que la chaise a bien été réactivée mais qu'il ne reste qu'une douzaine de drones !
L'alarme de la cité retentit alors : une pluie de météorites se dirige vers la planète, et les détecteurs ont mis du temps à percevoir cela comme une menace immédiate. Cependant les Terriens comprennent vite que les Wraith ont propulsé les météorites vers la planète afin de détruire les mines à distance ! Celles-ci explosent une à une ce qui rend les détecteurs de la cité inefficaces pour plusieurs heures à cause des radiations.
Sheppard rejoint Everett dans la salle de projection : le colonel souhaite connaître un maximum de détails sur la chute des Anciens face aux Wraith. Sheppard active la console et une représentation de la galaxie de Pégase est projetée, montrant sa situation avant la découverte des Wraith. Une fois ceux-ci réveillés, les planètes tombent petit à petit sous leur contrôle jusqu'à ce qu'il ne reste plus que Atlantis de libre ! Le major explique que les Anciens réussissaient à repousser l'ennemi grâce au bouclier et aux différents satellites mais les vaisseaux détruits étaient remplacés très rapidement : ils auraient pu gagner chaque bataille mais pas la guerre, ils sont donc partis. Sheppard pense que même s'ils les battent, ils reviendront.
Everett confie alors Sheppard que le colonel Sumner était un très bon ami à lui et il ne comprend pas qu'il ne soit pas parvenu à le sauver : le major tente de se défendre en disant que Sumner aurait voulu qu'il tire. La tension monte rapidement entre les deux hommes, mais l'alarme retentit et Everett est averti que des chasseurs Wraith approchent.
En salle de commandes, le colonel s'informe de la situation : les senseurs n'ont pas pu les détecter avant à cause des radiations. Everett ordonne de plonger la cité dans le noir tandis que tous les soldats se préparent à la bataille. A l'arrivée des chasseurs, des fusées de détresse sont lancées afin d'éclairer le ciel et les coups de feu débutent !
Pendant ce temps, Sheppard rejoint la chaise Ancienne que McKay tente de remettre en marche. L'un des soldats prévient Everett que certains commencent à jouer aux kamikazes tandis que des explosions retentissent dehors : la cité perd alors ses systèmes primaires. Weir et Everett se rendent dehors pour voir la bataille. Les hommes de l'un des postes de combat sont téléportés par les Wraith, Everett s'inquiète alors de ne plus les voir tirer. Ford se rend sur place.
Au même moment, Sheppard déclenche le tir des drones, et Ford remplace le soldat disparu pour tirer au canon. La bataille est terrible, les tirs d'énergie et les balles fusent partout dans le ciel. Un chasseur Wraith descend droit sur Weir et Everett mais Ford parvient à le détruire à temps : peu après, Sheppard détruit le dernier chasseur grâce au dernier drone.
A plusieurs endroits, la cité est endommagé. McKay fait le bilan : les détecteurs internes et externes sont hors services et l'énergie manque dans certaines sections d'Atlantis. Everett veut connaître l'état des vaisseaux mères, et le scientifique commence à s'énerver en trouvant tout cela désespéré. Sheppard veut viser les vaisseaux mères grâce à des Puddle Jumpers en mode furtif : pour cela il faut que les scientifiques trouvent un moyen pour pouvoir piloter un Jumper à distance. McKay s'énerve de nouveau en affirmant que c'est impossible mais finit par entrevoir une solution, aidé de Zelenka, qui consiste à piloter depuis la chaise Ancienne.
Everett veut savoir quels sont les dégâts que peut faire un Jumper, et Sheppard a une idée pour augmenter ses capacités destructrices : Weir le regarde étrangement et lui confie qu'elle ne sait pas quelle sera la réaction du Genii. Mais Sheppard insiste sur le fait qu'ils voulaient tester leur prototype de bombe nucléaire. Teyla se fait alors entendre dans la salle de la Porte : elle affirme que les Wraith se trouvent dans la cité. Des équipes sont mises en place afin de fouiller Atlantis, Sheppard confie même à Everett son détecteur portatif. Teyla intervient alors en proposant l'aide de certains de son peuple : le colonel accepte et des armes leur sont confiées.
Nous suivons alors plusieurs actions simultanées à différents endroits de la cité : Beckett aide McKy et Zelenka en utilisant la chaise ; une équipe fouille une partie de la cité ; Teyla et ses hommes sont également sur leurs gardes ; Ford est seul dans un couloir, en pleine recherche. Un soldat Wraith se cache derrière un pilier, et frappe le lieutenant lorsque celui-ci est à son niveau : mais bien évidemment c'était un piège et Sheppard, qui le suivait, abat l'ennemi.
Le Genii a répondu : ils sont d'accord pour ouvrir des négociations mais une seule personne doit les rencontrer en étant non armée. Weir se porte volontaire, et Everett lui promet de lui payer un verre si elle réussit. Sur la planète du Genii, elle est conduite dans une pièce d'interrogatoire, un bâillon sur les yeux : un homme se présente alors à elle comme étant Prenom du Genii. Les négociations commencent alors, Weir soulignant qu'ils ont du C4 et surtout la possibilité de tester l'arme du Genii en leur évitant d'être découverts par les Wraith. Cependant Prenom l'informe que les Wraith sont déjà venus sur leur planète, ils ont pu arrêter leurs réacteurs juste à temps pour ne pas être détectés, même s'il y a eu des morts en surface. Du coup les Wraith ne sont plus une menace directe et il lui révèle alors que le Genii veut négocier le C4 contre sa vie.
Sur Atlantis, Everett mène son équipe lorsqu'ils entendent des coups de feu juste avant que le courant soit coupé. Les membres d'une autre équipe sont morts et un générateur à naquadah a été endommagé : Teyla se dirige alors vers l'emplacement d'un autre générateur pour parer à toute attaque, tout comme Sheppard et Ford.
Weir tente toujours de négocier, en insistant sur le fait que son peuple ne risquerait rien en testant ces armes améliorées grâce au C4.
Zelenka travaille sur le Jumper en parallèle avec McKay qui se trouve dans la salle de la chaise. Beckett tente de penser au Jumper afin de l'activer, ce qui lui prend du temps mais finit par fonctionner ! McKay est exténué et s'assoit mais Weir est de retour avec les prototypes de bombes et il doit se remettre au travail. Les équipes terriennes sont en pleine bataille avec les Wraith, mais elles parviennent à prendre l'avantage en tuant les derniers survivants.
Weir rejoint Everett qui semble beaucoup plus enclin au dialogue après la réussite des négociations : McKay arrive alors en signalant que les bombes Genii vont demander un jour de travail afin d'être terminées, temps qu'ils n'ont pas forcément.
Zelenka et McKay sont au travail, ils chargent Beckett de leur injecter de nouveau un stimulant afin qu'ils ne s'endorment pas. Les blessés non militaires sont évacués vers le site alpha ; au même moment, le Jumper 4 prévient la cité que les vaisseaux ruches approchent. Everett, définitivement plus humain, fait alors une annonce et propose au docteur Weir de dire un mot : celle-ci compatie au travail de toute son expédition et leur rappelle qu'ils ne doivent pas hésiter à évacuer si cela est nécessaire. McKay et Zelenka ont terminé leur travail sur les bombes et doivent de nouveau se rendre à la salle de la chaise ; les bombes sont escortées vers le hangar à Puddle Jumpers. Tout le monde se met en place et s'apprête de nouveau à combattre : Teyla patrouille dans la cité ; Sheppard est dans la chaise mais il y a un problème avec le générateur ; les soldats sont de nouveau à l'extérieur, puissamment armés. L'alarme de la cité retentit pour signaler l'arrivée de nouveaux chasseurs, tandis que Weir demande au major Sheppard de se dépêcher. A l'extérieur, les soldats ouvrent le feu sur l'ennemi. McKay travaille toujours sur le générateur mais apparemment le réacteur de type 2 a atteint ses limites, Sheppard décide alors de partir. Everett patrouille également dans la base, et Weir lui dit qu'ils pourraient avoir besoin d'évacuer, cependant le major est en route pour piloter lui-même le Puddle Jumper après un dernier regard avec Elisabeth. Everett est alors désarmé par un Wraith et tire sur lui à plusieurs reprises avec son pistolet ce qui n'a aucun effet. Zelenka prévient Weir que Sheppard a embarqué à bord du Jumper, mais Elisabeth entend alors des coups de feu proches. Elle tente de connaître la position de Teyla mais n'obtient aucune réponse : son équipe est décimée et il ne reste de Teyla que son arme sur le sol. Le Jumper décolle alors que Beckett fait évacuer plusieurs personnes par la Porte : soutenu par McKay, il tente de convaincre Weir de partir mais celle-ci ne veut pas, du moins pas encore. McKay voit alors que le Puddle Jumper est en route sur un écran de contrôle. Ford et son équipe sont pris au piège par de nombreux Wraith. McKay est stupéfait que Sheppard pilote, et Elisabeth lui demande de l'aider à activer l'autodestruction. Tous se lancent des regards pleins de désespoir et d'angoisse : Sheppard annonce que les Wraith ne l'ont apparemment pas détecté, et que la bombe est prête. Il va bientôt se sacrifier.