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L'équipe d'Atlantis doit maintenant décider du sort des membres de l'équipage du vaisseau Wraith, qui ont tous été transformés en humains à l'aide du rétrovirus.
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Un vortex se forme au SGC : il s'agit d'Atlantis qui contacte le docteur Weir afin de lui exposer la situation. Teyla explique qu'ils n'ont toujours pas de nouvelles des leurs, mais que le vaisseau ruche qu'ils ont détecté continue d'approcher d'Atlantis. Elizabeth ordonne d'activer le bouclier d'invisibilité ce qui est fait rapidement. Teyla l'informe que les hommes sont en place pour défendre la cité et que Beckett est installé dans le siège de contrôle des drones. Elizabeth demande à lui parler : elle s'excuse de le mettre dans une telle situation mais il est le seul en plus de Sheppard et d'O'Neill à être parvenu à lancer un drône jusque là, même s'il a failli tuer des gens ce jour là...
Le vaisseau ruche sort de l'hyperespace et est détecté par les senseurs d'Atlantis. Alors que tout le monde attend de voir ce qu'il va se passer, la cité reçoit un signal radio : il s'agit de Sheppard, au grand soulagement de Teyla et de Weir. Ils ont réussi à revenir grâce au vaisseau ruche, et il serait dommage de l'endommager avec des drônes maintenant !
GENERIQUE
Le Daedalus, qui était amarré au vaisseau ruche, se détache et se dirige vers la cité afin d'effectuer les réparations.
Pendant ce temps, Beckett est monté à bord du vaisseau Wraith : Sheppard s'excuse de ne pas l'avoir prévenu plus tôt de leur réussite mais le système de communications a été endommagé. Carson, un peu paniqué, l'informe qu'il était sur le point de les faire exploser dans le ciel avec les drônes. Sheppard lui apprend que le rétrovirus a très bien fonctionné : Beckett veut savoir combien de Wraith ont reçu le traitement. Sheppard et Beckett entrent dans la chambre de stase où ont été placés les ' nouveaux ' humains : ils sont environ 200, ce qui paraît énorme à Carson mais Sheppard lui explique qu'ils ont de la chance, de tels vaisseaux peuvent en transporter des milliers mais beaucoup sont morts pendant la bataille ou se sont entretués lors de l'exposition au virus.
Au SGC, Woolsey est en pleine discussion avec le docteur Weir : le comité n'a pas d'opinion en ce qui concerne les anciens Wraiths, et Elizabeth n'est guère étonnée que lorsque cela devient délicat, ils s'abstiennent de se prononcer. Richard explique que la vie de ces 200 personnes n'est pas leur priorité, au contraire de la façon dont Elizabeth a géré cette crise. Woolsey craint notamment que les informations techniques volées aient été transmises à d'autres Wraiths, mais selon Michael ce n'est pas le cas. Woolsey la prévient que cette envie de faire confiance à un Wraith ne risque pas de l'aider face au comité : les membres de celui-ci étaient surs que les Wraiths n'étaient pas une menace pour cette galaxie, et cette crise leur a prouvé le contraire. Elizabeth rappelle cependant que c'est le comité qui souhaitait un commandement non militaire et qui l'a placé à ce poste, mais comme le souligne Woolsey rien de mieux que la menace d'aliens se nourrissant d'humains pour penser que les militaires ne sont pas si mal finalement.
Sur Atlantis, Teyla va rendre visite à Michael, placé sous bonne garde. Celui-ci est d'ailleurs agacé par l'attitude des Terriens : malgré son aide, il est toujours considéré comme un prisonnier. Teyla lui rappelle qu'il a trahi leur confiance, mais pour Michael ce n'était pas de la confiance étant donné qu'il était déjà traité comme un prisonnier. Toutefois, il n'est pas très supris, s'il est rejeté par les Wraiths pourquoi ne le serait-il pas par les humains ? Il explique à Teyla que pour les Wraiths, il n'est plus un des leurs, il a été changé. Michael a donc besoin de l'aide des Terriens : il ne peut pas rester sur Atlantis, ni rejoindre les Wraiths. Il veut donc suivre son propre chemin, sous réserve que les humains lui fournissent du matériel et un vaisseau. Teyla lui rétorque qu'avec ce qu'il sait, ils ne peuvent pas le laisser partir, Michael lui dit alors de le tuer tout de suite ! Cependant, Teyla voit une autre solution, à laquelle Michael a manifestement déjà pensé : se faire de nouveau injecter le rétrovirus. Mais pour Michael, ce qu'il est n'est pas une maladie et il n'a pas à se faire ' soigner '. S'il ne se rappelle à nouveau de rien, ni de sa vie ni de son identit, il ne voit pas de différence avec la mort. Et s'il se souvient à nouveau, il se demande ce qui pourrait arriver. Teyla l'informe que le docteur Beckett a fait d'importants progrès avec le virus et pourrait bien trouver un traitement permanent. Michael souligne que si c'était le cas, les anciens Wraiths ne seraient pas actuellement en stase dans le vaisseau ruche mais en train de se promener au sein d'Atlantis.
Au SGC, Elizabeth est en train de travailler dans ses quartiers. Woolsey lui rend visite et lui apprend que le comité a décidé qu'elle continuerait à être à la tête d'Atlantis. Bien sur, Weir est surprise mais Richard lui apprend toutefois que le maintien de son poste dépendera d'un rappoert détaillé qu'il rédigera une fois sur place. Weir veut savoir s'il a déjà été sur une autre planète, ce à quoi Woolsey répond que la seule fois où cela s'est produit il a failli mourir. Le SGC a par ailleurs requis l'aide des asgards pour que Woolsey et Weir soient amenés sur Atlantis, ce qui leur permettra de gagner du temps. Weir ironise sur le fait que les Asgards ont un grand sens de l'humour.
Dans le vaisseau ruche, McKay s'efforce de réparer les dégâts occasionnés par la bataille de No Man's Land. Sheppard se renseigne sur ses progrès, mais le problème est que les commandes principales réagissent uniquement à la présence d'un Wraith (tout comme les appareils Anciens détectent le gène). John suggère que Teyla essaye étant donné qu'elle a un peu d'ADN Wraith : Rodnay pense qut le coup d'essayer, mais ce n'est pas le seul soucis. Le générateur d'énergie a été également endommagé et il ne produit que la moitié de la puissance habituelle. Si les Terriens veulent faire voler le vaisseau et utiliser les armes, ils ne pourront pas en même temps garder les Wraiths en stase.
Sur Atlantis, Ronon arrive en trombe dans la chambre de Michael et pointe sur lui son arme : Michael veut savoir s'il est là pour l'exécuter, ce à quoi Ronon répond qu'il aimerait bien. Il lui tire dessus et Beckett fait alors son entrée dans la pièce avec une équipe médicale : il injecte à nouveau le rétrovirus à Michael.
Sur une planète boisée, un camp a été installée : tous les 'anciens ' Wraiths ont été placés au sein de cette installation. Ronon et Sheppard circulent entre les tentes quand un homme les aborde : il s'appelle Lethan, du moins c'est ce qu'on lui a dit, et il aimerait en savoir plus sur leur condition. En effet, les Terriens leur ont fait croire qu'ils étaient en quarantaine à cause d'une maladie contagieuse, et Lethan veut savoir à quel moment ils pourront être relâchés. Sheppard reste très vague et l'informe que la décision est entre les mains du docteur Beckett. Sheppard et Ronon rejoignent la tente médicale, laissant Lethan avec ses interrogations. A l'intérieur, John se renseigne sur la situation : Carson a encore besoin de temps afin de terminer ses recherches, mais Sheppard lui propose de les terminer sur Atlantis. Le docteur Beckett est assez surpris et n'a pas envie de laisser ses ' patients ' seuls, même s'il les a formé à s'injecter le sérum eux-mêmes. Il doit vérifier qu'aucun d'ente eux ne régresse, et qu'ils ne commencent pas à se souvenir de leur ancienne vie. Sheppard explique que tout cela leur demande trop de ressources en matériel et en hommes, et que si jamais Carson ne trouve pas une solution permanente, ils pourraient être obligés de les abandonner sur la planète. Beckett veut rester une semaine de plus avec une équipe de sécurité restreinte, afin de faire son maximum pour trouver une solution.
Lethan rejoint sa tente où il retrouve plusieurs compagnons : ceux-ci veulent savoir ce qu'il a appris, mais il revient sans information, il pense qu'on leur cache quelque chose. L'un des hommes réagit alors : il s'agit de Michael. Lethan pense que ce qu'on leur raconte n'est pas vrai, qu'il n'en a aucun souvenir : Michael rétorque que la perte de mémoire est un des symptômes, mais une fois encore Lethan souligne qu'ils ne savent pas si cela est vrai. Michael pense qu'ils les aident, mais Lethan est plutôt en colère et il propose de prendre l'avantage, ce qui ne sera pas difficile vu leur nombre. Grâce au vaisseau des Terriens, ils pourront s'enfuir de la planète avec des otages. Toutefois, Michael soulève le point que tout ceci pourrait être la vérité, et qu'ils pourraient répandre la maladie. Les autres compagnons sont d'accord avec lui, tout ceci est trop risqué : Lethan, agacé, quitte la tente, sous le regard de ses camarades.
Sur un balcon d'Atlantis, Richard Woolsey entame une conversation avec le colonel Caldwell : Woolsey a un peu de mal avec son nouvel uniforme, et de toutes façons il sait très bien qu'il ne suffira pas à camoufler ce qu'il fait dans la cité. Caldwell est sur la défensive et voit cette conversation comme un moyen pour Woolsey de poser des questions : il met tout de suite les choses au clair en lui rappelant qu'il ne répond pas de ses actes devant le comité et qu'il n'a donc pas à lui répondre. Richard tente d'attirer Caldwell en soulignant que Sheppard est le commandant militaire d'Atlantis uniquement grâce au soutien de Weir : si jamais elle devait partir, il serait le meilleur candidat pour le poste. Mais Caldwell n'est pas dupe et il se rend compte de toutes les manipulations qui se déroulent autour de lui : il préfère se retirer et souhaite une bonne soirée à Woolsey.
Sur la planète, Sheppard s'apprête à repartir avec ses hommes : toutefois, Beckett l'informe que Lethan n'était pas présent à la dernière injection. Michael leur apprend également ce que pense Lethan de tout ce qui se passe, et tous les hommes, Terriens ou anciens Wraiths, se mettent à sa recherche. Ronon tente de trouver une piste sans succès, tout comme les militaires qui ne trouvent rien. Les anciens Wraiths patrouillent de leur côté quand soudain Lethan interpelle Michael : il lui raconte qu'il est en train de se souvenir peu à peu de sa vie, et qu'ils doivent rapidement agir. Lethan se retrouve entouré par ses camarades, et Michael lui annonce qu'il aurait du rester au camp.
Peu après, Sheppard reçoit un appel radio d'un de ses hommes qui a trouvé Lethan : cependant, Lethan est mort, apparemment victime d'une chute dans une pente.
Dans la tente médicale, Beckett s'apprête à pratiquer l'autopsie de Lethan : un des anciens Wraiths qui sert d'assistant l'informe qu'il a fini de préparer le vaccin pour les autres et Carson lui donne le feu vert pour procéder à l'injection. L'homme est un peu supris mais Beckett l'a vu faire ça plusieurs fois, il peut donc se débrouiller tout seul maintenant.
Dans la salle de briefing d'Atlantis, Weir a réuni son équipe pour leur exprimer combien elle est heureuse de les revoir tous en vie : elle n'arrive pas à finir sa phrase mais tous comprennent ce qu'elle ressent. Apparemment, le pilotage du vaisseau ruche a été plutôt pénible pour Teyla et très fatiguant : ces efforts ne correspondaient qu'à un vol en ligne droite, McKay doute donc qu'elle puisse utiliser les armes et les systèmes plus complexes et il n'a pas encore fait de progrès sur le contrôle manuel. A ce moment là, Woolsey les rejoint et s'excuse d'être en retard. Weir le présente à l'équipe et explique qu'il va les interviewer un par un pour son rapport. Richard veut savoir où ils en étaient, et pour éviter tout ennui Sheppard annonce que McKay allait leur expliquer ses progrès sur le vaisseau Wraith : Rodney se retrouve le dos au mur et remercie ironiquement John.
Sur la planète, Beckett se rend sur le lieu où a été retrouvé le corps de Lethan. Un des militaires le contacte alors par radio et Carson lui explique qu'il n'y a aucune trace de sang sur le lieu où ils ont trouvé le corps. Il pense que Lethan a en réalité été tué puis ensuite déposé là pour faire croire à un accident. Le militaire conseille à Beckett de revenir avant que la nuit tombe afin qu'ils puissent en discuter : caché derrière une tente, un des anciens Wraiths a entendu la conversation radio.
Dans la salle de briefing, Woolsey interroge Sheppard à propos de la façon dont ils gèrent ces 200 Wraiths devenus humains : il lui demande s'il pense vraiment qu'une solution permanente va être trouvée, et si ce n'était pas une erreur d'exposer les Wraiths au virus. John explique qu'ils ont fait ce qu'ils pouvaient à ce moment là pour survivre. Richard souligne que même si un traitement permanent est trouvé, ces personnes ne seront surement pas intégrées à la société comme n'importe quelle autre. Sheppard est assez agacé et rétorque qu'il a soutenu les décisions d'Elizabeth.
Beckett est en chemin pour rejoindre le camp lorsqu'il aperçoit tout à coup un des anciens Wraiths marcher dans la forêt. Il commence à le suivre discètement.
Sheppard rejoint Weir dans son bureau, et il est plutôt remonté : il voudrait frapper Woolsey, et Elizabeth s'étonne de le voir régir ainsi et veut savoir ce qu'il lui a fait. John lui répond que Woolsey veut juger toutes les décisions que Weir a prises, et elle est flattée qu'il défende ainsi son honneur. De plus, Richard juge Sheppard car il était d'accord avec ces décisions. Weir essaye de le calmer en expliquant que Woolsey est loin d'être le pire et qu'il pourrait même convaincre le comité de les laisser tranquille. Sheppard abandonne donc l'idée de le frapper...pour le moment.
Beckett suit l'ex-Wraith jusqu'à un feu de camp où sont regroupés plusieurs personnes qui semblent ' prier ' en tendant leurs bras vers le ciel. Carson tente de contacter l'équipe de sécurité par radio mais il n'obtient aucune réponse : il veut repartir mais se retrouve face à Michael, qui a commencé à se retransformer en Wraith.
Michael conduit Beckett jusqu'au camp : Carson tente de le convaincre qu'il doit prendre son médicament mais Michael se souvient d'assez de choses pour savoir que c'est un mensonge. Il se souvient même qu'il a été soumis une seconde fois au traitement, et il est deux fois plus énervé que la première. Carson veut savoir pourquoi il a tué Lethan : ce dernier commençait à poser des problèmes et aurait pu retenir Sheppard et ses hommes sur la planète. Beckett pense que de toutes façons ils ne peuvent pas quitter la planète, mais Michael rétorque qu'il a tort.
Sur Atlantis, McKay a relevé la signature d'un vaisseau Wraith sur ses senseurs longue portée : celui-ci ne se dirige non pas vers la cité, mais vers la planète où ils ont laissé Beckett et les Wraiths convertis !
L'équipe tient une réunion de crise : Wollsey pense qu'ils doivent envisager qu'il y a un traître parmi eux qui a averti les Wraiths de ce qu'ils faisaient. Teyla sent que les Athosiens sont visés mais Weir tente de calmer le jeu en expliquant qu'une telle information n'est accessible qu'à un nombre limité de personnes. Il faut qu'ils évacuent ces personnes avant que les Wraiths mettent la main sur eux dans 48H et apprennent qu'Atlantis est toujours là. L'hyperpropulsion du Daedalus est toujours endommagée et ce pour au moins 24 heures : Sheppard propose alors d'utiliser le vaisseau ruche qu'ils ont en leur possession. Toutefois, si un combat s'engage, ils ne pourront surement pas gagner. Weir donne son accord et tous partant se préparer.
Au camp, Beckett est enchaîné au lit de l'infirmerie. Michael lui apprend qu'une vingtaine de Wraiths sont redevenus ce qu'ils étaient, et que les autres serviront de nourriture aux Wraiths qui viennent les sauver. Carson lui dit de se rappeller ce qui s'est passé la dernière fois qu'il a voulu retourner auprès des Wraiths, mais Michael au moins s'échapper de la planète. Beckett ne comprend du coup pas pourquoi il est toujours en vie : Michael pense que Sheppard n'aurait pas quitté la planète sans avoir un plan de secours au cas où les choses tourneraient mal. Beckett dit ne rien savoir là dessus, mais Michael ne le croit pas et compte bien utiliser ses pouvoirs télépathiques pour obtenir l'information.
Le vaisseau ruche des Terriens avance dans l'hyperespace : à bord, Teyla est très concentrée sur son pilotage. Sheppard demande à McKay s'ils ont des armes, ce qui est le cas mais pour le moment ils n'ont pas de système de visée. Rodney se plaint qu'ils utilisent beaucoup d'énergie pour aller aussi vite, ce à quoi John rétorque qu'ils vont aussi vite justement pour éviter le combat !
De son côté, le Daedalus est enfin réparé, et le colonel Caldwell tient à aller prêter mains fortes à Sheppard. Pendant ce temps, le vaisseau ruche sort de l'hyperespace et Teyla se détend après être parvenue à mettre le vaisseau en orbite. McKay ne détecte aucun signe de l'autre vaisseau mais ils doivent faire vite : tout à coup, plusieurs systèmes secondaires s'activent et Sheppard félicite Rodney pour son travail. Toutefois, celui-ci n'y est pour rien : les systèmes se sont activés car ils ont détecté des Wraiths à la surface de la planète. De plus, Rodney ne peut pas détecter le docteur Beckett parmi les humains restants.
En se dirigeant vers un Puddle Jumper avec Sheppard et Ronon, Teyla suppose que les Wraiths en groupe peuvent communiquer sur de longues distances et ainsi appeler à l'aide. La sécurité prévue par Sheppard est une bombe nucléaire qui va dévaster la zone une fois activée : McKay s'inquiète des Wraiths encore humains qui vont également être tués, mais ils n'ont guère le choix, surtout si Michael les a informé pour Atlantis et le moyen d'aller sur Terre.
Sur la planète, Teyla et Sheppard neutralisent deux gardes Wraiths et entrent dans une tente pour récupérer Beckett. Ronon les rejoint après avoir vérifié si des militaires étaient encore en vie, mais il n'a pu que récupérer leurs plaques.
A bord du vaisseau, McKay attend des nouvelles : Sheppard le contacte depuis le Jumper et lui ordonne de déclencher l'explosion. A la surface, Michael se trouve avec deux Wraiths à côté de la bombe : il est parvenu à bloquer le système et a ainsi évité l'explosion. Rodney se rend vite compte que quelque chose ne va pas, et John lui demande de s'occuper rapidement des armes car ils ne peuvent pas partir tant que les Wraiths sont toujours sur la planète : ceux-ci ne peuvent d'ailleurs qu'attendre que les leurs arrivent afin de les aider.
Sheppard et les autres sont de retour au poste de pilotage : McKay n'est pas parvenu à grand chose, mais John demande s'ils peuvent viser le camp à la surface. Rodney pense que c'est possible, et Sheppard ordonne de tirer. Beckett a des objections car il reste des humains, mais ils n'ont pas le choix : McKay commence à tirer juste au moment où l'autre vaisseau ruche sort de l'hyperespace. Il ouvre le feu sur eux et ils subissent de nombreux dommages : John veut savoir si le camp est détruit mais Rodney n'est sur de rien avec des systèmes aussi endommagés. La situation est critique, les moteurs sont HS, ils perdent de l'air et l'énergie est sur le point de lâcher.
Le Daedalus arrive enfin en orbite autour de la planète et se retrouve entouré au milieu de nombreux débris de vaisseau ruche : aucun signe de vie n'est détecté par les senseurs, que ce soit dans l'espace ou à la surface. Tout à coup, Sheppard contacte le vaisseau par radio : toute l'équipe a pu se réfugier à temps dans le Jumper et John lève le bouclier d'invisibilité pour être détecté.
Sur Atlantis, Woolsey et Weir ont une discussion : ils ne sont pas surs que les Wraiths soient morts. Elizabeth assume le fait qu'elle aurait duoccuper autrement de ces prisonniers, mais Richard pense que sa décision d'ouvrir le feu sur le camp était la bonne. Weir rétorque qu'elle n'a pas donné cet ordre, mais Woolsey pense qu'elle l'aurait fait si McKay avait pu réparer les communicaitons subspatiales. Elizabeth est étonnée, mais Richard pense que le comité n'a pas besoin de connaître tous les détails, ou plutôt il ne veut pas les connaître. La seule vérité qui compte, c'est qu'Elizabeth va conserver son poste...du moins pour le moment. Après cette annonce, Woolsey rejoint la salle d'embarquement pour retourner sur Terre.
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