Sheppard vient au secours d'une équipe portée disparue mais une expérimentation conduite par les Wraith met en péril sa vie et celle de tous les membres de son équipe.

McKay et Sheppard demandent à Weir d'organiser une mission de secours pour l'équipe du Major Leonard qui est en retard de six heures pour son rapport. La planète sur laquelle l'équipe se trouve est inhabitée mais une étrange énergie a pu être captée lors de l'ouverture de la Porte. Par ailleurs, les contacts radios sont mauvais. Weir accepte néanmoins d'envoyer une équipe, renforcée de trois Marines et de Beckett.

Arrivés sur la planète, les terriens découvrent le MALP mais aucune trace de l'équipe. McKay capte d'étranges signatures énergétique sur son détecteur.

Les talents de Dex lui permettent de découvrir assez rapidement une piste mais ils font une macabre découverte : les corps sans vie et en décomposition (plusieurs mois) de plusieurs géniis, tués par balles. Pour Dex, il ne fait aucun doute que ces hommes se sont entretués.

Genérique

Toute l'équipe avance dans un terrain boisé. McKay émet l'hypothèse que les géniis ont utilisé cette planète comme terrain d'expérimentation pour leurs essais nucléaires ce qui pourrait expliquer les signatures énergétiques et ce qui alarme un des jeunes Marines soudain, Dex dégaine son arme. Il dit avoir vu quelque chose.

McKay désigne l'endroit d'où proviennent les signaux. Il s'agit d'une sorte de grotte. Sheppard décide de l'explorer. Ils y découvrent les corps de deux autres géniis. L'un a été tué par balle, et l'autre semble s'être donné la mort. La grotte abrite ce qui ressemble à un laboratoire wraith. McKay découvre un générateur d'ondes à hautes fréquences (IM générator), mi organique mi mécanique, qui est certainement à l'origine des interférences radio. Pour McKay ce qui s'est passé est simple : les géniis ont trouvé cet endroit et comme ils ne savaient pas comment y faire fonctionner les installations, ni à quoi elles servaient, ils ont décidé de les détruire mais n'y sont pas parvenus complètement. Le jeune Marine demande si ces ondes sont dangereuses, McKay lui dit qu'il est peu probable que ce soit le cas ...

Ils en sont là de leur exploration lorsque Teyla déboule dans la salle du générateur : ils ont trouvé l'équipe.

Ils sont tous morts. Tués par balle. Le corps du Major Leonard est manquant. McKay trouve une caméra juste à côté des corps. Ils regardent le film ... celui-ci montre l'équipe en train de parcourir le même chemin qu'eux découvrant le labo wraith, les corps et puis soudain, ils courent, appelant le Prométhée (vaisseau détruit il y a un an de cela) à la rescousse. Ils tombent les uns après les autres vraisemblablement tués par le Major Leonard lui-même.

Beckett émet l'hypothèse que la machine qu'ils ont découvert est à l'origine de ce qui leur est arrivé. McKay acquiesce. Sheppard décide de retourner sur Atlantis immédiatement. McKay s'oppose à cette idée : il faut qu'ils stoppent le générateur. Sheppard pense qu'il est préférable de ramener les corps du Atlantis d'abord et de revenir avec une autre équipe plus tard.

Ils ramènent les trois corps sur des brancards de fortune. Lors du parcours, Dex les oblige à s'arrêter : il a vu une de ces ' illusions ' que créent les wraiths lorsqu'ils pourchassent leur proie mais elle a disparu dans les bois.

Sheppard demande à un des Marines de composer l'adresse d'Atlantis. Ce dernier s'exécute mais lorsqu'il entre le premier chevron, le DHD explose. Tout le monde se met à couvert. Soudain, des coups de feu retentissent. Le sergent est mort, les deux autres Marines, le sergent Braso et le Lieutenant Keagan tombent sous les rafales. Dex crie que ce sont des wraiths mais Sheppard reconnait le Major Leonard comme étant celui qui leur tire dessus.

Le DHD est complètement détruit. Sheppard décide d'attendre que Weir prenne contact avec eux mais McKay lui rappelle que les interférences causées par le générateur rendent impossibles les communications : la seule solution qui leur reste est de couper ce dernier.

Ils laissent les morts sur place et récupèrent les deux blessés.

Arrivé à la grotte, McKay branche son matériel sur celui du générateur. Sheppard demande à Beckett comment vont les deux Marines. Keagan est allongé sur une sorte de table en pierre et Braso est assis le long d'un mur, son P90 sur les genoux. Selon Beckett, les blessures de Keagan sont graves, il a besoin de soins urgents qu'il ne peut lui donner que sur Atlantis. Sheppard lui promet qu'ils vont bientôt rentrer, il faut qu'il fasse son possible pour les maintenir en vie en attendant.

McKay après avoir fait l'interface avec le générateur, pense que les wraith menaient ici des expériences mais il ignore le pourquoi et le comment, sauf que l'IMG est certainement à l'origine de cette espèce de folie dont souffrent les êtres humains à sa proximité. Second problème, tout semble en désordre : les géniis ont du essayer de comprendre à quoi servait le générateur et ont fait des tentatives de branchements, malheureusement sans succès (ce qui les a poussés à juste tirer dessus pour tout détruire) et maintenant, pour éteindre le tout, il faudrait retrouver le bon branchement ! La console principale est détruite et McKay va devoir passer directement par le coeur du système. Ses explications sont interrompues par des bruits de coups de feu ...

Sheppard et Teyla se précipitent dehors et voient Dex s'éloigner dans les bois. Sheppard dit à McKay de rester dans la grotte pour éteindre le générateur.

Sur Atlantis, étonnée de ne pas avoir de nouvelles de l'équipe, Weir décide de contacter la planète et de mettre en place une équipe de secours, au cas où.

Sheppard et Teyla suivent la trace des impacts de l'arme de Dex sur les arbres. Il semblerait qu'il ressente déjà les effets des ondes de l'arme wraith.

Dans la grotte, McKay demande un scalpel à Beckett pour travailler sur la partie organique du générateur. Beckett quant à lui est surpris de voir le Sergent Braso debout. Ce dernier refuse de se reposer et va prendre place devant l'entrée de la grotte pour la garder. Beckett essaye d'enlever les morceaux de shrapnel de l'estomac du Lieutenant Keagan.

Sheppard et Teyla ont retrouvé Dex. Ce dernier ne leur accorde aucune attention. Soudain, un coup de feu retentit. Le Major ouvre le feu sur eux et blesse Teyla à la jambe.

Dex est persuadé qu'il y a là un wraith et non pas le Major Leonard , il se lance à sa poursuite. Sheppard se retourne vers Teyla et est surpris de voir ... un homme, Holland mais l'hallucination ne dure pas. Sheppard aide Teyla à se lever et ils trouvent refuge dans un abri, apparemment construit par le Major. Sheppard change le pansement de la jambe de la jeune athosienne. Teyla s'inquiète pour lui. Il lui dit qu'il va bien et lui demande si elle, va bien. Sans doute son ADN wraith la protège t'elle des interférences de cette expérience. Soudain, des coups de feu retentissent ... Le Major Leonard est là, il vide le chargeur de son P90 sur les arbres, puis tire son 9mn de son holster et en fait autant. Sheppard, le voyant désarmé, essaye de le raisonner mais le Major ne le voit pas, au lieu de son supérieur, ce sont des super soldats de l'armée d'Anubis qui apparaissent et l'encerclent. Déterminé, sachant qu'il est condamné, le Major tire une grenade, la dégoupille et la porte contre sa poitrine ... Sheppard a juste le temps de se mettre à couvert avant qu'elle n'explose, tuant le Major.

Sheppard rejoint Teyla dans l'abri quand un bruit familier se fait entendre, celui d'une voiture, une jeep. Teyla lui dit qu'elle n'entend rien.

Dans la grotte, Beckett essaye toujours de sauver Keagan mais le jeune homme meurt dans ses bras. Beckett commence le CPR.

Sur Atlantis, Zelenka essaye de contacter l'équipe. En vain. Weir décide d'envoyer un UAV.

Le sergent Braso revient de sa ronde et découvre Beckett assis par terre. Un drap est posé sur le visage de Keagan. Soudain, Braso voit la main de Keagan bouger. Beckett ne comprend pas, il était persuadé que le jeune lieutenant était mort !

Il fait part de ce qui vient se passer à McKay. Ce dernier pense que c'est la petite expérience des wraith qui est à l'origine de ce qu'il a cru voir, à savoir, Keagan mort. Il a découvert que les wraith essayaient d'améliorer leur capacité à manipuler l'esprit de leur proie. Le problème c'est que les génii ont du détraquer la machine en essayant de l'éteindre et le résultat, ce sont ses hallucinations qui jouent sur des épisodes traumatisants et conduisent à la folie. Soudain, l'ordinateur relié au générateur s'affole, ce qui devrait être impossible, puisqu'il n'y a plus de puissance ! Nous voyons le langage wraith défiler sur un des écrans posés sur le mur de la grotte, comme à bord d'un vaisseau ruche.

Beckett demande à McKay s'il a lui aussi des hallucinations. McKay répond que non. Selon lui, le cerveau répond différemment d'un individu à un autre et certains peuvent être immunisés. Ainsi, au collège, il avait fumé du hashis mais cela ne lui avait rien fait. De plus, il pense que l'intérieur de la machine dans laquelle il travaille est protégé par un bouclier. Une fois encore, l'ordinateur de McKay s'affole : les signaux énergétiques sont de plus en plus puissants.

Dans la forêt, Teyla essaye de raisonner Sheppard qui entend des voix d'hommes, des bruits de pas, des portières qui claquent. Sans succès. Il sort de leur abri ... et se retrouve dans le désert près de l'épave d'un hélicoptère.

Sheppard se précipite sur une petite colline : on peut voir au loin, des hommes habillés en turban et djellaba. Soudain, quelqu'un s'adresse à lui. Un homme est assis près de l'hélicoptère, blessé à la jambe. Sheppard explique à Holland que devant la lenteur administrative de l'armée, il a décidé de venir lui-même le chercher mais qu'il s'est lui aussi fait descendre. Holland lui demande combien de talibans sont là, six selon Sheppard ... la scène se poursuit avec Teyla et Sheppard qui s'adresse à elle comme si elle était ce fameux Holland. Elle essaye de le raisonner mais sans succès.

L'UAV passe au dessus de la planète. Sheppard lui voit un F16. Il essaye de le contacter par radio. Dex voit quant à lui un Dard et le descend. Sur Atlantis, Zelenka perd le contact avec l'UAV. Weir est inquiète, impossible d'envoyer une autre équipe sans savoir ce qui se passe et le Daedalus ne sera pas là avant une journée. Il leur faut attendre ...

Holland s'affaiblit. Sheppard a peur de le perdre, d'être venu aussi loin pour rien. De risquer la cour martiale et la prison de Leavenworth pour un mort. La scène reprend sur Teyla qui parle toujours à Sheppard. Ce dernier appelle des renforts sur son talkie-walkie. L'athosienne essaye de lui faire comprendre que rien de ce qu'il voit ou entend n'est vrai.

Dans la grotte, Beckett s'occupe toujours de Keagan. Soudain, il appelle le sergent Braso. Keagan a à nouveau cessé de respirer. De son côté, McKay pense avoir enfin réussi à débrancher le générateur mais son ordinateur lui dit le contraire ! Braso et Beckett ramènent Keagan à la vie. McKay appelle Beckett à la rescousse. Il a besoin de lui parce qu'il ne peut pas à la fois effectuer les déconnexions et les vérifications sur son ordinateur. Beckett lui dit qu'il ne peut pas venir, que Braso et lui viennent juste de faire le CPR à Keagan. McKay lui demande de qui il parle : en effet, le sergent Braso est mort, assis près du mur, dans la position ou nous l'avions vu juste avant que Sheppard ne parte à la poursuite de Dex. Beckett s'approche de lui. Son corps est froid et la rigidité post mortem s'est déjà installée. Il est donc impossible qu'il ait eu ces discussions avec lui ...

Dex a repéré l'abri dans lequel d'après lui, se trouvent des wraith. Il s'agit en fait de celui où sont Sheppard et Teyla. Teyla essaye toujours de convaincre Sheppard qu'il est en train d'halluciner. Ce dernier est toujours perdu dans ses souvenirs, revivant ce qui s'est passé en Afghanistan ... il voit un Taliban, de son côté, Dex voit un wraith. Ils ouvrent tous les deux le feu. Sheppard touche le Taliban et blesse ainsi Dex au bras. Teyla crie à Ronon de ne pas tirer ... Sheppard la sort de l'abri et ils s'enfuient à travers bois.

Dans la grotte, Beckett essaye de suivre les instructions de McKay pour débrancher le générateur, soudain, il entend la voix du sergent Braso qui l'appelle et qui lui dit que Keagan a besoin de lui. Beckett hésite un moment. McKay essaye de lui faire entendre raison mais l'instinct de médecin de Beckett est plus fort. De son côté, l'ordinateur de McKay s'affole : le générateur est entré en zone rouge.

Se croyant toujours dans le désert avec Holland, Sheppard essaye de sauver leur vie. S'ensuit un petit débat sur la direction à suivre. Vers l'Ouest pour Sheppard, mais Holland est persuadé qu'il désigne l'Est. Il avait raison. Ils se retrouvent près d'un camp Taliban. Sheppard fait exploser deux camions et ils s'enfuient. Dex les voient. Ils croient que le wraith a pris Teyla en otage.

Dans la grotte, c'est la panique. McKay n'est pas parvenu à arrêter le générateur qui va exploser. Il hurle à Beckett de sortir, mais celui-ci n'est pas là. Il sort et se met à couvert mais rien ne se passe ... il comprend alors que lui aussi a été victime de la machine. C'est à ce moment que Teyla l'appelle. Il se tourne vers elle, mais Sheppard le prend pour un Taliban et lui tire dessus. Dex entend le coup de feu et se précipite.

Sheppard, qui se croit toujours dans le désert, appelle des renforts. On voit un Taliban allongé par terre, blessé à la poitrine. Holland le remercie, quoiqu'il arrive, d'être venu pour lui.

Dex arrive devant la grotte. Il croit voir le wraith, Teyla et Rodney allongés à ses côtés.

Bien que blessé, Rodney arrive à dire à Teyla, qui est la seule à ne pas être touchée par les interférences, qu'elle doit couper le générateur. Teyla parvient à convaincre Sheppard de l'emmener dans la grotte. Elle récupère l'ordinateur de Rodney et s'étonne qu'il n'ait pas terminé alors qu' il était presque parvenu à déconnecter la machine. Sheppard a une brève vision de Holland qui lui parle et lui dit quoi faire, un peu comme un automate, sous la direction de ce qu'il croit être Holland, il parvient, juste au moment où Dex entre dans la grotte, à déconnecter le générateur. Les deux hommes sont sous le choc de ce qui a failli se passer.

Sheppard retrouve Beckett. Il porte Keagan dans ses bras. Contre toute attente, le jeune homme est encore en vie.

Maintenant que le générateur ne fonctionne plus, Atlantis a pu prendre contact avec l'équipe. Il ne leur reste plus qu'à attendre les secours, le Daedalus devant arriver le lendemain. Teyla demande à Sheppard s'il est parvenu à sauver le Capitaine Holland. Il lui avoue que non. Teyla lui dit que cette fois, il a réussi à sauver son équipe.

Le mot de la fin revient à McKay qui n'en revient pas que Sheppard lui ait tiré dessus !