Sheppard est de retour sur Terre pour assister à l'enterrement de son père. Accompagné de Ronon, il doit combattre un terrible mais inattendu adversaire : un Réplicateur.

Le colonel Sheppard et Ronon marchent à travers la cité, discutant d'un film, Blades of Glory, qui, contrairement à ce que Ronon espérait, ne parlait pas de batailles mais de patinage artistique. Arrivés à une porte, ils se font arrêter par le colonel Carter, venue annoncer une mauvaise nouvelle à Sheppard : son père vient de mourir, d'un arrêt cardiaque.

Dans un labo, sur Terre, une jeune femme imprime un article sur la mort du père de John, Patrick Sheppard. Son bureau est constellé d'articles ainsi que de photos de John et Ronon (prises pendant leur passage sur Terre dans Miller's Crossing)

Générique

Sur Atlantis, John est en train de préparer ses affaires pour retourner sur Terre, quand Rodney entre dans ses quartiers. Il vient présenter ses condoléances, et lui demander comment il va. Il lui explique aussi qu'il aurait aimé l'accompagner sur Terre, mais que le bouclier de la planète des enfants (planète de l'épisode La fin de l'innocence saison 1) a quelques problèmes. John lui dit que ce n'est pas grave, qu'il comprend. Rodney essaie de lui expliquer qu'il est là, si John a besoin de parler, mais Sheppard lui soutient que c'est bon, qu'il va bien.

On retrouve Sheppard devant la porte des étoiles, prêt à partir. Alors que les chevrons s'enclenchent, Ronon arrive près du colonel. Celui-ci lui demande où il va, le satédien lui répond simplement : " Avec vous ".

Une fois sur Terre, les deux hommes se rendent à l'enterrement. En sortant de la voiture, Ronon remarque le monde présent. Sheppard lui explique que son vieux (" my old man " en vo) avait beaucoup de relations. Un homme s'avance à leur rencontre, il s'agit de Dave, le frère de John. Il lui explique qu'il doutait de le voir arriver, vu la difficulté à lui faire parvenir des messages. Sheppard lui répond qu'il est venu dès qu'il a su. Dave s'arrête sur Ronon, visiblement très surpris. Sheppard fait les présentations, et Dave tente une explication : " vous travaillez tous les deux pour l'US Air Force ? ". John explique qu'il est civil, et Dave décide de changer de sujet. Il souhaite que les deux frères aient une conversation plus tard dans la journée. John acquiesce, et Dave s'éloigne voir d'autres invités.

Toujours à l'enterrement, un plan nous montre la jeune fille du labo, qui regarde Sheppard et Dex.

John s'approche du cercueil de son père. Ronon, apparaît, le cherchant visiblement. Mais il décide de le laisser seul, et s'éloigne.

A la place, il va remplir son assiette au buffet (il demande d'ailleurs à une femme choquée si c'est bien gratuit), et retrouve John dans le jardin, à l'écart de la foule. Il lui demande si c'est la maison où il a été élevé. Le militaire lui répond, blasé, que c'est l'une d'entre elles. Il lui explique qu'il n'avait qu'une envie, partir de cette maison, étouffé par son père, qui avait planifié sa vie depuis ses 14 ans. Le satédien lui demande ce qu'il vont faire maintenant. Sheppard lui explique que les gens boivent, mangent (" certains plus que d'autres " dit-il en regardant l'assiette de Ronon) et surtout parlent (" ils ne savent pas quoi dire mais ils parlent quand même "). Ronon remarque que Dave à l'air de s'en sortir très bien avec ces formalités, et John répond que c'est ce qu'il a l'habitude de faire, prendre les choses en mains. On apprend que John n'avait jamais parlé de lui à Ronon, car c'est " compliqué ". Une femme s'avance vers eux, John, gêné, explique que son ex-femme, Nancy, arrive. Après avoir échangé les formalités d'usages, Nancy finit par parler de sa promotion, elle travaille à la sécurité du territoire (Homeland Security). Ils échangent encore quelques paroles, sur l'ami de Nancy (Grant que Sheppard a appelé Greg), et sur le père de John, puis Nancy s'éloigne.

A l'intérieur de la maison, la jeune femme inconnue aborde Sheppard. Elle se présente comme étant Ava Dixon, et elle sait qui est Ronon. Elle explique qu'elle a travaillé pour Henry Wallace (celui qui a enlevé Jeannie dans Miller's Crossing). Comme Sheppard fait semblant de ne pas comprendre, elle déballe tous les évènements qui ont eu lieu dans Miller's Crossing. John perd patience, elle lui explique qu'il faut qu'ils parlent, mais pas ici.

Les trois s'apprêtent à partir. Dave le remarque, alors John donne les clefs de la voiture à Ronon, et s'apprête à la confrontation avec son frère. John explique qu'il doit y aller, à cause de son travail. Ça ne plait pas à Dave, qui en a marre des problèmes " top secret " de son frère. Comme John veut qu'il lui dise ce qu'il voulait lui dire tout à l'heure, Dave lui demande s'il va contester le testament. John est outré qu'il veuille lui parler d'argent maintenant, mais Dave croit que c'est pour ça qu'il est venu. John, dégoûté, réplique qu'il n'a rien à craindre. Son frère rétorque que c'est de sa faute si lui et son père avaient une mauvaise impression de lui. C'est lui qui a décidé de partir. John, ému, répond qu'il pensait que c'était ce que leur père voulait. Mais Dave lui dit que non, que son père a regretté jusqu'au bout cette fracture avec son fils.

Les trois se posent dans un bar. Ava explique qu'elle travaille pour une division de Devlin Medical Technologie (la société de Henry Wallace) depuis 3 ans sur un projet appelé Archetype. Projet sur les nanites, dans le but d'accroître leur niveau d'interactions. Elle et le docteur Richard Poole, l'homme qui l'a recrutée et qui compte comme un père pour elle, ont réussi à créer un réplicateur humanoïde (bien qu'il ne puisse pas se répliquer). Ava prétend qu'elle ne savait pas qu'elle était dans l'illégalité (elle faisait confiance à Richard). Elle continue en expliquant qu'il y a trois semaines, Richard arrive en voulant effacer toutes les preuves (à cause d'une étude du IOA), et tente d'éteindre le Réplicateur. Celui-ci, refusant d'être éteint, s'enfuit (et tue deux gardes au passage).
John, Ronon et quelques marines se rendent dans le laboratoire de Poole et l'arrêtent. Celui-ci les connaît, et apprend que c'est par Ava qu'il est arrêté. Il prétend qu'il avait la situation sous contrôle, que le Réplicateur ne tue que pour se défendre. Mais Sheppard insiste en disant qu'ils vont devoir l'arrêter et que Poole va devoir les aider, et tout ce petit monde est téléporté sur l'Apollo.

Sur l'Apollo, Sheppard et Poole sont assis à une table tandis qu'Ava est debout tout près. Poole refuse d'aider nos héros. Ava, elle, assure qu'elle fera son maximum pour coopérer, et explique à un Poole abasourdi qu'il faut être réaliste, que le Réplicateur androïde est dangereux pour le monde.

Plus tard, comme John et Ronon marchent dans les couloirs du vaisseau, Bates (le sergent Bates de la saison 1) les accoste. Il travaille pour l'IOA maintenant. Il se met au courant des intentions de Poole, et demande comment trouver le Réplicateur sans son aide. Sheppard explique que quelqu'un travaille dessus.

Et ce quelqu'un, c'est Lee, qui râle car on a gâché ses vacances. Il parvient à localiser le Réplicateur (grâce à la signature énergétique des nanites) dans une zone industrielle portuaire. Sheppard interroge Ava sur les capacités du Réplicateur. Elle admet qu'il est plus fort, rapide qu'un humain, mais ne connaît pas ses tactiques, réflexions... (c'est Poole qui se chargeait de cette partie de l'expérience).

Sheppard retourne donc voir Poole, toujours pas décidé à aider (il sait très bien qu'il ne s'en sortira pas, il sera enfermé dans la zone 51). Le militaire utilise les relations entre le scientifique et la jeune Ava, pour essayer de faire changer ce dernier d'avis. Poole cède.

On retrouve Sheppard, Ronon, Poole, Bates et des marines dans la zone portuaire. Poole explique que le Réplicateur va plutôt essayer de se cacher, et que les armes anti-Réplicateurs sont inefficaces face à lui. Heureusement, sa capacité à s'auto-réparer est limitée, il suffit donc de lui infliger des dommages suffisamment conséquents. Les hommes se séparent en équipes de deux. Sheppard avec Ronon, et Bates avec Poole. Avant de se lancer dans la traque, Ronon demande à Sheppard comment il va, il sait que ça fait beaucoup à assimiler.

Bates et Poole ont le Réplicateur en visuel. Bates donne sa position à Sheppard, puis se fait assommer par Poole. Ce dernier entre dans l'entrepôt où se cache le Réplicateur. Il essaye de le rassurer, tout en lui expliquant que des hommes le cherchent. Le Réplicateur demande comment il a été retrouvé, et Poole lui explique que c'est grâce à la signature énergétique de ses nanites, c'est pourquoi il ne peut plus fuir. Sa seule solution est pour Poole l'auto-désactivation (qu'ils ont faite plusieurs fois en labo). Mais la machine ne veut pas être éteinte, et il commence à étrangler Poole, murmurant : " Je suis désolé ".

Nos deux héros trouvent Bates inconscient, et cherchent Poole. Mais ils le trouvent déjà mort.

Sur l'Apollo, Lee, et Ava indirectement, apprennent la mort de Poole. Sheppard veut que Lee l'aide à traquer l'androïde, mais Lee perd le signal. Sheppard et Ronon se lancent quand même à sa poursuite. Après une course-poursuite sur les docks, où le robot encaisse quelques tirs, ce dernier saute et disparaît dans l'eau.

En début de soirée, on voit des équipes de plongeurs sur les docks. Bates, Sheppard et Ronon sont sur les quais, où l'ancien sergent explique qu'ils ont fouillé la zone deux fois. Pas la moindre trace de l'androïde. De plus, impossible de retrouver le signal de ses nanites.

Retournés sur l'Apollo, les trois hommes sont avec Lee, qui n'a toujours pas réussi à retrouver le signal du Réplicateur. Sheppard veut que le scientifique se focalise sur les fichiers extraits du labo secret de Poole, il soupçonne ce dernier d'avoir essayé de trouver le Réplicateur avant eux pour des raisons moins nobles que celle de préserver sa création. Il le soupçonne d'avoir un acheteur. Bates explique que les réseaux de l'IOA ne peuvent pas aider, l'acheteur se doit d'être plus prudent.

On retrouve Sheppard sur le banc d'un parc de Washington. Il y retrouve son ex-femme Nancy, et lui demande de faire des recherches sur le projet Archetype. Elle risque de perdre son boulot, et comme John refuse de lui expliquer de quoi il s'agit, elle refuse. Elle profite aussi de l'occasion pour lui faire des reproches, comment son travail pour l'armée a empoisonné leur relation, expliquant qu'elle était obligée de supporter ses secrets à l'époque, mais que plus rien ne l'oblige à faire de même aujourd'hui.

Dans le labo de Poole, Ava récupère certaines de ses affaires personnelles. Sheppard arrive, et l'interroge sur des possibles contacts que Poole aurait pu avoir avec une tierce personne. Néanmoins, pour Ava, ils n'ont toujours été que tous les deux à être au courant pour ce projet. La jeune femme se renseigne sur l'avancée des recherches, si Lee a réussit à récupérer le signal du Réplicateur. Rien avance de se côté-là, mais Lee pense pouvoir ré-écrire le code du Réplicateur.

Mais une surprise attend Sheppard une fois sur l'Apollo. Lee a trouvé le dossier d'Ava Dixon dans les fichiers de Poole. Elle est morte d'un accident de voiture il y a quasiment un an.

Ava s'est enfuie du labo de Poole, assommant son garde sans le tuer, et laissant un mot d'excuse à Sheppard, expliquant qu'elle n'aurait jamais dû laisser tout ça se produire.
Retournés bredouille sur l'Apollo, Lee explique qu'Ava, qui est donc aussi un Réplicateur, masque elle aussi sa signature énergétique. Lee suppose que si le Réplicateur mâle est le modèle militaire, Ava est adaptée à des interactions sociales, qu'elle a " une conscience ". Ça explique pourquoi elle a prévenu Sheppard du problème avec le Réplicateur et pourquoi elle n'a pas tué le garde. Ils sont interrompus par Ellis, qui a un message pour Sheppard, venant de Washington.

Nancy retrouve John et lui donne tout ce qu'elle a trouvé sur Archetype. Elle a aussi essayé d'enquêter sur John, mais a vite compris qu'il était dans quelque chose de très important et dangereux. Elle lui conseille de faire très attention, et lui dit adieu.

Les informations données par Nancy ne sont pas énormes, mais permettent à l'équipe de trouver l'adresse d'un entrepôt de neutronium (élément de base des nanites). Si le Réplicateur blessé veut se réparer, il devra aller là. De plus, en faisant référence à des films, où le méchant finit par tomber dans le feu d'où il est apparu, Lee donne une idée à Sheppard.

Les militaires sont prêts dans l'entrepôt, attendant la menace qui ne tarde pas à arriver. L'androïde mâle les attaque, envoie Ronon valser, et tente d'étrangler Sheppard.

Ava intervient, et un combat entre les deux Réplicateurs (à la super force, même pour le modèle " social " qu'est Ava) commence. Le mâle finit par avoir le dessus, donc Ronon prend la relève. Sheppard profite de l'inattention pour planter un couteau auquel est liée une balise sur le robot. Il donne le signal à l'Apollo, qui téléporte l'androïde en orbite basse. L'entrée dans l'atmosphère est fatale pour la machine, désagrégée avant d'atteindre le sol.

Maintenant que le problème du Réplicateur est résolu, la question sur l'avenir d'Ava se pose. On ne peut la laisser libre sur Terre, elle reste potentiellement dangereuse. Mais elle a aidé à la capture du Réplicateur. D'après Bates, l'IOA ne peut cependant pas prendre le risque de la laisser en vie.

On la retrouve pourtant dans un parc, avec Sheppard. Elle remercie le colonel de l'avoir aidée, et d'avoir obtenu sa liberté. Elle est inquiète, troublée par ses sentiments (censés être artificiels mais qui lui semble bien réels), et effrayée par sa future solitude (maintenant que Richard n'est plus là). Enfin, elle fait ses adieux à notre héros, et s'éloigne. Celui-ci, une fois Ava partie, disparaît !

Il sort d'un module de stase semblable à ceux trouvés dans l'Aurore (saison 2). Ava est en fait dans une réalité virtuelle, alors que son corps a été détruit.

Ronon pense rentrer sur Atlantis, et Sheppard explique qu'il doit régler certaines choses avant. Et c'est ce qu'il fait, en allant chez son frère. La dernière scène nous le montre frappant à sa porte, et Dave le laissant entrer