Le Colonel Sheppard et le docteur Carson Beckket se joignent à une des équipes d'exploration composée uniquement de femme, pour enquêter sur un soi-disant Laboratoire wraith. Cet épisode introduira deux nouveaux parsonnages : un militaire, le Capitaine Alicia Vega et un scientifique, le docteur Alison Porter (qui pourrait bien avoir un petit faible pour Carson).

Après avoir été sortis de son état de stase dans Atlantis après deux mois, Carson Beckett - ou, plus précisément, le clone du docteur créer par Michael le Wraith - est retourné sur Terre pour avoir quelques moment de repos. Maintenant qu'il est de retour sur Atlantis, il est amené à rejoindre le Colonel Sheppard pour une visite sur une planète.

Les deux passent à travers une foret alien et se retrouve au point de rendez-vous avec une autre équipe, dirigé par le Major Anne Tedy, le Capitaine Alicia Vega fait aussi partie de l'équipe, de même que la "dure" Sergente Dusty Wells ainsi que la jolie et studieuse Dr. Alison Porter. L'équipe a appelé Sheppard et le Dr. Beckett pour voir ce qu'ils avaient trouvé : un laboratoire Wraith caché dans un réseau de caves souterraines, avec des douzaines d'humanoïdes en état de stase tout le long des murs.

Le Dr. Beckett et le Dr. Porter étudie le laboratoire et l'état de la condition des "patients", qu'ils pensent être des cobayes de Michael. Pendant qu'ils continue leurs investigation, Teldy, Vega et Sheppard brisent la glace. Le Colonel Sheppard mentionne que l'I.O.A hésite à reconstruire la station Midway, qui a était détruite récemment dans l'attaque Wraith.

La fait de voir ces personnes en état de stase rappelle à Carson sa propre expérience, ce qui l'amène à discuter avec le Dr. Porter de ce qu'il s'est passé quand il est apparu sur le pas de la porte de sa mère deux ans après ses funérailles. Les deux scientifiques commencent à se lier.

Le groupe décide de passer la nuit dans un village voisin - alors qu'ils ne se doutent pas qu'il y des forces toutes proches en train de comploter contre eux. Et les cobayes de Michael sont sur le point de se réveiller.