Un petit vaisseau survole la banquise et atteint rapidement la cité d'Atlantis. Une mention nous informe que la scène se passe il y a plusieurs millions d'années.
Un homme et une femme sont dans une salle de la cité équipée d'une baie vitrée : nous voyons alors le vaisseau franchir ce qui semble être un bouclier de protection. L'homme a l'air en colère et regarde la femme d'un air plutôt haineux. Il quitte la salle alors que le vaisseau est en approche. En réalité, ils se trouvaient dans l'avant poste découvert dans The Lost City (voir SG-1). La femme semble assez inquiète tandis que la cité décolle et déclenche une énorme bourrasque lorsqu'elle prend de la vitesse.
De nos jours, nous nous retrouvons au même endroit qui est maintenant recouvert par un dôme de verre servant de base de recherche. Un ascenseur descend dans les entrailles de la banquise, où beaucoup de techniciens et scientifiques s'activent. Le docteur Weir sort de l'ascenseur et est saluée par un membre de l'équipe qui inspecte un drône des Anciens. Un peu plus loin, une dispute a lieu : le docteur Rodney McKay veut forcer un autre homme à s'asseoir dans le siège de contrôle de l'avant poste. L'homme en question finit par partir en s'excusant auprès de Weir, laissant McKay énervé. Elizabeth rappelle que c'est cet homme qui a découvert l'existence du gène, mais Rodney lui apprend qu'il souhaiterait ne pas l'avoir. Selon Weir, ils ont seulement trouvé une poignée de gens capables d'interagir avec la technologie des Anciens et chacun d'entre eux doit essayer, y compris le docteur Beckett (l'homme qui est parti). Chaque essai leur en apprend plus sur la technologie ancienne, et Beckett devrait être fier de cette possibilité qu'il a. Apparemment, McKay est un peu jaloux de ne pas avoir le gène.
A ce moment là, le docteur Jackson vient les chercher : ils le suivent jusqu'à son laboratoire. Il commence à expliquer qu'ils ont cherché Atlantis dans la mauvaise direction, et après des démonstrations il leur montre que l'adresse de la cité est à 8 symboles : elle est donc très éloignée mais pas inaccessible. Il pense avoir trouvé la localisation de la cité des Anciens.
"Générique"
Un hélicoptère survole la banquise. A son bord, le général O'Neill et un pilote, le major
Sheppard. Ce dernier semble aimer faire des commentaires humoristiques, et informe O'Neill qu'ils seront sur place dans 10 minutes. McKay a récupéré Beckett et le force à s'asseoir dans la chaise malgré ses protestations. Rodney lui demande d'imaginer leur emplacement dans le système solaire : Beckett se concentre mais pendant un moment, rien ne se produit. Finalement, la chaise s'active, en même temps que le drone qui commence à voler un peu partout dans la base et finit par remonter à la surface. Weir, qui était à ce moment là dans l'ascenseur, demande à redescendre pour voir ce qu'il se passe. Sheppard est prévenu par radio qu'un drone se dirige sur l'hélicoptère et on lui demande d'atterrir mais il est trop tard, le drone est déjà sur eux et Sheppard commence des manoeuvres d'évitement.
Dans la base, c'est un peu la panique. Beckett est inquiet et Weir lui demande de se concentrer pour arrêter le drone. Pendant ce temps, Sheppard continue d'éviter le drone et finit par se poser. Malheureusement, le drone est toujours actif et se dirige droit vers eux : ils sortent immédiatement de l'appareil mais le drone finit par tomber au sol et glisser jusqu'au général O'Neill. Beckett pense avoir réussi à le couper. Sheppard et O'Neill remontent dans l'hélicoptère.
Un militaire s'approche de la chaise de contrôle et annonce que l'hélicoptère est entier ainsi que ses occupants : Weir et Beckett sont soulagés.
L'hélicoptère s'est posé : Jackson vient accueillir O'Neill à l'ascenseur tandis que Sheppard découvre la base et semble assez surpris de ce qu'il voit. Le général part avec Daniel pour un briefing et demande à Sheppard de ne rien toucher.
Dans son laboratoire, Jackson explique à O'Neill, McKay et Weir qu'il pense que les Anciens ont quitté cette galaxie il y a des millions d'années en faisant voler la cité. Jack a un peu du mal à croire à la cité volante. Ils ont pu partir à cause de la maladie dont ils souffraient : quoiqu'il en soit, ils se sont rendus dans la galaxie de Pégase. Weir est tout à fait enthousiaste et a déjà choisi les membres de l'expédition qui s'y rendront. O'Neill donne son accord mais les choses sont un peu plus compliquées que ça : pour activer la Porte, il leur faut le ZPM. O'Neill n'a pas la moindre idée de ce qu'est un ZPM, et McKay l'informe que c'est un Zero Point Module, c'est en réalité la source d'énergie qu'O'Neill a récupéré dans The Lost City et qui alimente actuellement l'avant-poste. O'Neill refuse alors l'utilisation du ZPM.
Pendant ce temps,Sheppard se balade dans la base et observe ce qui l'entoure. Il arrive à la chaise de contrôle où Beckett se vante auprès d'autres scientifiques de la façon dont il a stoppé le drone. Sheppard lui demande alors si c'était lui, et Beckett tente de se justifier en disant qu'ils font de la recherche. John lui demandee juste d'être plus prudent la prochaine fois, et veut quand même savoir ce qu'était cette chose : Beckett commence à lui dire que c'est le système de défense de l'avant-poste ancien, mais Sheppard ne sait même pas qui sont les Anciens. Beckett se demande alors s'il a les autorisations nécessaires pour être là et Sheppard l'informe qu'il est avec O'Neill ; Le docteur pense alors qu'il n'est pas non plus au courant pour la Porte des Etoiles, et effectivement Sheppard ne sait rien là dessus.
Le briefing continue dans le laboratoire de Jackson : pour aller dans une autre galaxie, il faut une puissante source d'énergie mais O'Neill veut qu'ils trouvent un autre moyen. Jackson et Weir tentent de le convaincre des découvertes qu'ils pourraient faire. Jack souligne que l'énergie demandée permettra un seul voyage sans retour : Weir en est consciente mais pense que les bénéfices potentiels valent largement le risque.
Beckett fait un cours accéléré sur les Anciens et le gène à Sheppard, et lui explique que certaines personnes possèdent le gène. Alors que Sheppard va s'asseoir sur la chaise, Beckett lui demande de ne pas faire ça mais John se lance quand même, disant qu'il n'a aucune chance d'avoir le gène : il a à peine le temps de finir sa phrase que la chaise s'active. Beckett est impressionné et court chercher Weir en demandant à Sheppard de ne pas bouger.
Toute l'équipe revient avec Beckett. McKay demande à Sheppard de penser à leur position dans le système solaire et immédiatement, un hologramme de la galaxie se forme au dessus de la chaise.
Weir discute avec O'Neill et tente de le convaincre qu'elle doit l'emmener, qu'elle aura sûrement besoin de lui sur Atlantis. Jack lui dit qu'il a besoin de Daniel sur Terre, mais Elizabeth parlait en réalité du major Sheppard. John parvient en effet à utiliser la technologie ancienne de manière très naturelle, sans avoir besoin de trop se concentrer. O'Neill craint un peu son insubordination dont il a déjà fait preuve mais Weir fait remarquer avec humour qu'il n'est pas le dernier sur ce plan là non plus. Elizabeth a une dernière faveur à demander : qu'O'Neill arrive à convaincre Sheppard de se joindre à l'expédition.
Dans l'hélicoptère, John se prépare au décollage. O'Neill lui demande ce qu'il pense de la proposition de Weir, mais Sheppard veut y réfléchir car il a eu beaucoup d'informations à digérer d'un seul coup. Jack demande alors au major pourquoi il est devenu pilote : celui-ci pense que celui qui ne veut pas voler est un fou, et O'Neill lui rétorque qu'il pense la même chose de ceux qui ne veulent pas franchir la porte.
Elizabeth Weir apparaît sur un poste de télévision, il s'agit apparemment d'un enregistrement vidéo adressé à un certain Simon. Celui-ci regarde la vidéo tandis que Elizabeth lui explique qui sont les Anciens et ce qu'est la Porte des Etoiles. Pendant ce temps, nous voyons les préparatifs de plusieurs membres de l'expédition : le militaire déjà rencontré à la base dit adieu à ses grands-parents ; le docteur Beckett partage un repas avec sa mère ; McKay confie son chat à sa voisine ; Sheppard est assis dans de l'herbe et semble tirer son destin à pile ou face. Simon interrompt la vidéo et tente d'appeler Elizabeth, mais l'opérateur l'informe qu'elle n'est pas dans une zone couverte par le réseau.
A Cheyenne Moutain, l'expédition se prépare : énormément de matériel est entassé dans les couloirs du SGC, et les nationalités des membres du personnel sont très diverses. Un militaire, qui semble être le chef, donne ses instructions de manière assez sèche, y compris à Beckett. Weir est dans la salle de contrôle : elle est vite rejoint par O'Neill et Jackson.
Pendant ce temps, McKay prépare le ZPM pour alimenter la Porte : il demande au sergent Siler d'activer le système et cela semble fonctionner puisque le ZPM s'allume.
Sheppard avance dans un couloir, un peu perdu apparemment. Il salue le militaire qui est en réalité colonel : celui-ci le regarde d'un air un peu suspicieux. Weir arrive alors dans la salle d'embarquement et demande l'attention de tout le monde : elle les informe que s'ils arrivent à établir un vortex, ils ne pourront pas le couper et recommencer. Un MALP sera envoyé, il vérifiera l'atmosphère et ensuite tous franchiront la Porte. Elizabeth les félicite chaleureusement mais leur rappelle qu'ils ne reviendront peut-être pas, et leur laisse une dernière chance d'arrêter. Personne ne réagit. Weir ordonne qu'on compose les coordonnées.
Le colonel parle de manière discrète à Sheppard : il lui fait remarquer qu'il ne l'a pas choisi, et qu'il doit se souvenir qui donne les ordres. John s'amuse un peu en répondant que c'est le docteur Weir, ce qui ne fait pas rire son interlocuteur.
Les chevrons s'enclenchent un à un : tous les membres attendent avec impatience le résultat. Le chevron 8 s'enclenche, et un vortex est ouvert : tous les membres de l'expédition applaudissent. Le MALP est lancé sur ordre d'Elizabeth. Les relevés de l'appareil semblent indiquer une atmosphère viable. O'Neill donne le feu vert.
Le colonel commence à aboyer des ordres : lui et ses hommes vont traversés puis autoriseront le personnel à venir si tout va bien. Weir intervient alors qu'elle est de retour dans la salle et lui dit qu'elle vient avec lui. Ils franchissent alors la Porte : Weir se retourne une dernière fois vers la salle de contrôle avant de se lancer.
Sheppard se prépare, avec à ses côtés le militaire que nous connaissons. Le colonel donne par radio le feu vert et O'Neill autorise le personnel à passer la Porte. Sheppard entre dans le vortex et parcourt le chemin jusqu'à Atlantis. Il surgit dans une grande salle plutôt sombre, où le colonel demande à ses hommes de sécuriser la zone. John se retourne et on peut tout de suite remarquer que la Porte des Etoiles n'est pas la même que celle de la Voie Lactée. Les membres du personnel passent peu à peu la Porte.
Sur Atlantis, la cité semble réagir à la présence des Terriens en se réactivant : lumières et portes se déclenchent au passage de Sheppard notamment. McKay est impressionné par ce qu'il voit. Les membres de l'expédition continuent à arriver avec le matériel. McKay commence à se pencher sur des consoles, tandis que Sheppard observe la salle d'embarquement où beaucoup de personnes sont réunies. Weir prévient O'Neill par radio qu'ils vont bien, et qu'ils peuvent couper la Porte : une bouteille de champagne provenant de la Terre roule alors sur le sol juste avant que le vortex ne se coupe. Sur la bouteille se trouve un mot du général, " Bon Voyage ".
Les militaires continuent d'explorer la cité, et celle-ci s'éclaire à leur passage. Dans un hangar, deux scientifiques découvrent ce qui semble être des vaisseaux spatiaux et qui ressemblent fortement au vaisseau vu en début d'épisode : ils appellent Weir par radio pour qu'elle vienne voir ça, mais elle a énormément de choses à voir. Elle rejoint McKay, Sheppard et des techniciens qui se trouvent dans une sorte de salle de contrôle : les consoles s'activent à nouveau toutes seules. Rodney a déjà découvert où était le DHD, et commence à émettre des hypothèses.
Le colonel Sumner appelle Weir par radio et demande à Weir de le rejoindre : Sheppard l'accompagne. Sumner leur apprend qu'ils ont sécurisé une infime partie de la cité, elle semble énorme : ils arrivent alors près d'une baie vitrée et se rend compte qu'ils sont sous l'eau ! McKay les rejoint et est apparemment déjà au courant : il y a un bouclier qui les protège de l'eau, mais il ne peut s'empêcher d'être impressionné par la vue extérieure. Il interrompt sa rêverie en leur disant que le docteur Beckett veut leur montrer quelque chose.
Ils arrivent tous dans une salle où un hologramme s'est déclenché : c'est une Ancienne qui énonce l'histoire d'Atlantis. Beckett le visionne pour la seconde fois. Les Anciens sont arrivés dans la galaxie de Pégase où la vie était quasiment inexistante : ils ont donc permis à des espèces vivantes de se développer. Malheureusement, ils sont un jour tombés sur une planète où des ennemis terrifiants se trouvaient : ceux-ci les ont attaqué et les Anciens, trop confiants, ont vite été dépassés par le nombre de ces ennemis. Très vite, seule Atlantis demeurait libre et la cité fut assiégée durant des années : elle a survécu grâce au formidable bouclier la protégeant. Les Anciens ont alors décidé de quitter cette galaxie, de retourner sur Terre : pour cela ils ont submergé la cité, espérant y revenir un jour. La Porte d'Atlantis est la seule pouvant ouvrir un vortex vers la Terre, et seule la Porte de la Terre pouvait réactiver celle d'Atlantis. La simulation holographique se termine. Les membres présents discutent alors de ce qu'ils ont entendu et Sumner n'aime pas le fait que les Anciens aient été vaincus. Un homme vient murmurer quelque chose à l'oreille de McKay, pendant que Beckett réactive l'hologramme. Mais Rodney lui demande de le couper, car selon lui s'ils ne stoppent pas ce qu'ils font, ils sont tous morts. Il quitte la pièce, suivis par les autres.
Dans la salle de contrôle, McKay travaille sur son portable et explique que la cité est apparemment alimentée par 3 ZPM : malheureusement deux sont complètement vide et le troisième n'est pas loin d'être également épuisé. Sumner veut savoir ce que cela signifie : selon Rodney, le bouclier d'énergie est déjà en train de faiblir et certaines sections de la cité ont déjà été inondées. L'arrivée des Terriens a déclenché la réactivation des systèmes ce qui a bien sur demandé de l'énergie : Weir demande alors au colonel que ses équipes stoppent leur exploration de la cité. McKay pense qu'ils n'ont que quelques jours ou quelques heures avant que le bouclier ne cède : Beckett se demande si leurs générateurs ne suffiraient pas, mais selon Rodney ils ne feront pas l'affaire. Il faut donc plus de ZPM, mais s'il y en avait dans la cité ils seraient en mesure de les détecter avec les ordinateurs. Sumner veut savoir s'ils peuvent utiliser la Porte, mais ils n'ont pas assez d'énergie pour retourner sur Terre : Sheppard propose alors d'essayer quelque part dans cette galaxie. Mckay confirme qu'ils peuvent faire ça grâce au DHD et à la base de données des Anciens : un technicien montre également que la Porte possède un bouclier d'énergie servant d'iris, mais Rodney rappelle que cela consomme de l'énergie ! Weir demande à Sumner de rassembler une équipe pour partir en mission, accompagné de Sheppard. Mckay commence alors à composer une adresse : le vortex s'ouvre, tandis que l'équipe de Sumner arrive en salle d'embarquement. Le MALP envoyé en reconnaissance indique une bonne atmosphère, mais il fait nuit sur place. Les militaires préparent donc leurs lunettes infrarouges. Sumner ordonne d'y aller, tout en regardant Sheppard d'un air peu joyeux.
L'équipe se retrouve sur une planète où il fait nuit : les militaires se déploient et commencent à avancer en formation. Tout à coup, Sheppard entend un bruit et voit une forme dans les buissons : le Lieutenant Ford, qui est le militaire vu depuis le début, l'accompagne pour vérifier. Un enfant surgit des buissons, et Ford braque son arme sur lui : un second portant un masque se jette sur le premier mais voit rapidement l'inconnu. Les deux enfants sont effrayés et une troisième personne, un adulte, surgit en leur demandant de ne pas leur faire de mal, qu'ils ne faisaient que jouer. Le colonel Sumner et les autres hommes les ont rejoint. L'homme se présente comme étant Halling, et leur demande s'ils sont là pour du commerce : Sheppard lui dit que oui. Halling se tourne alors vers les enfants et leur rappelle de ne pas jouer dans la forêt lorsque la nuit est tombée. Halling leur annonce que Teyla voudrait les rencontrer, et qu'il va les conduire jusqu'à elle. Sumner demande à deux hommes de rester près de la Porte et de contacter Atlantis.
Les militaires progressent dans la forêt, devancés par Halling : le lieutenant Ford demande à Sumner ce qui le gêne chez Sheppard, ce à quoi le colonel répond qu'il n'aime pas les personnes ne respectant pas la chaîne de commandement. Sheppard est derrière, accompagné par les deux enfants : ils sont intrigués par ses lunettes infrarouges et John leur tend. L'un d'eux essaye et semble beaucoup aimer. Sheppard veut à son tour savoir ce que représente le masque que l'enfant porte : c'est un Wraith, et John demande ce que c'est. L'enfant semble très surpris qu'il ne sache pas. L'équipe parvient au village fait de tentes.
Dans une des tentes, un groupe dîne. Parmi ce groupe se trouve une jeune femme : Halling arrive accompagné des Terriens, à savoir Ford, Sumner et Sheppard. John se dit enchanté et la jeune femme dit s'appeler Teyla Emmagan. Sumner est assez brutal et dit qu'ils ont des besoins bien spécifiques : Teyla l'arrête toute de suite en précisant qu'ils ne négocient pas avec des étrangers. Sheppard tente de rompre un peu la glace en proposant d'apprendre à se connaître. Teyla leur propose alors de partager le thé rituel de son peuple, ce que Sheppard accepte, soulignant qu'ils commencent à se connaître.
A l'aube, les hommes de Sumner ont repéré au loin de qui semble être les restes d'une cité apparemment assez avancée. Le colonel pense que cela est une bonne opportunité pour eux.
Sumner et Sheppard discutent sous une tente avec Teyla et un homme de son peuple : celui-ci dit que la cité des Anciens est interdite, et que toute entrée serait immédiatement détectée par les Wraiths. Le colonel veut savoir qui sont ces fameux Wraiths, et Teyla leur confie qu'ils n'ont jamais rencontré quelqu'un ne les connaissant pas. Teyla leur conseille de retourner sur leur monde si les Wraiths n'y sont jamais allé, mais Sheppard l'informe qu'ils ne peuvent pas. Teyla insiste sur le fait que la cité est interdite. Sumner demande alors à parler à ses hommes et ils sortent de la tente.
Sumner veut quand même se rendre dans la ville pour jeter un coup d'oeil. Sheppard de son côté craint que les Wraiths ne soient les ennemis des Anciens, mais le colonel pense que c'est une raison de plus pour trouver un ZPM. Sumner demande à Ford de retourner à la Porte faire un rapport à Atlantis.
Sheppard retourne sous la tente de Teyla. Celle-ci trouve que Sumner agit comme si elle n'était pas là, mais John lui fait attention à ce qu'elle dit. Teyla souhaite alors lui montrer quelque chose.
Sheppard et Teyla progressent dans la forêt : John commence apparemment à fatiguer, tandis que Teyla est toujours d'attaque. Elle l'informe qu'ils sont bientôt arrivés.
Sur Atlantis, McKay vient faire son rapport à Weir, qui attend de bonnes nouvelles. Malheureusement, l'arrivée des Terriens a réellement affaibli le bouclier qui aurait pu encore tenir des années sans cette intervention. Rodney en vient à la conclusion que dès que Sumner aura donné son feu vert, il faudra abandonner la cité, ce que Weir semble avoir du mal à accepter. Comme pour insister, la cité tremble pendant quelques secondes.
Teyla et Sheppard ont rejoint une sorte de caveau ou Teyla venait jouer quand elle était petite. Apparemment, ses ancêtres s'y seraient réfugiés pour se protéger des Wraiths. Teyla saisit une torche et alors que Sheppard va l'allumer avec son briquet, Teyla utilise une sorte de petit laser pour enflammer la torche, ce qui surprend le major. Ils commencent à avancer dans les couloirs losque Sheppard repère quelque chose qui brille au sol : il le ramasse et découvre qu'il s'agit d'un petit médaillon. Il me montre à Teyla et celle-ci l'avait en fait perdu il y a des années : Sheppard le rattache autour de son cou. Il remarque ensuite de nombreux dessins et gravures sur les parois en pierre : Teyla lui explique que certains remontent à plusieurs milliers d'années. Les dessins montrent notamment une attaque de Wraiths : ceux-ci reviennent régulièrement, ils laissent un peuple se développer puis reviennent pour enlever le maximum de personnes. La dernière grande collecte sur la planète remonte à 5 générations, mais cela ne les empêche pas de revenir de temps en temps en petit nombre pour rappeler qui sont les maîtres. Le peuple de Teyla essaye de ne pas vivre dans la peur, d'autant plus que certains peuvent sentir l'arrivée des Wraiths. Teyla pense qu'ils doivent rentrer car la nuit tombe.
A la Porte des Etoiles, Ford patiente avec deux hommes. Sumner tente de contacter Sheppard par radio et Ford l'informe qu'il est hors de portée pour le moment. Tout à coup, la Porte s'ouvre et Ford avertit aussitôt Sumner : 3 vaisseaux de petites taille et visiblement très rapides la franchissent et se dirigent vers le village.
Les Athosiens commencent à paniquer et à courir, tandis que Sumner donne des ordres à ses hommes.
Dans la forêt, Sheppards et Teyla avancent quand cette dernière s'arrête : elle entend au loin les bruits particuliers des chasseurs et les cris des habitants du village. Sheppard veut savoir ce qui se passe et elle lui dit que les Wraiths sont là.
Au village, c'est la panique, les habitants courent dans tous les sens pour essayer de trouver un refuge et d'échapper à l'ennemi. Sumner est toujours dans le village et alors que Halling et quelques uns de ses amis se dirigent vers lui, ils sont happés par un rayon émis d'un vaisseau et disparaissent ! Sumner ordonne à ses hommes d'ouvrir le feu. Tout à coup, il aperçoit près de lui des sortes d'ombres sur lequel il pointe son arme mais qui n'arrêtent pas de se déplacer : il est assez perturbé par ses visions.
Dans la forêt, Sheppard suit difficilement Teyla qui court en direction du village. Il est averti par radio que les Wraiths sont partout et finit par perdre Teyla : il entend soudain de drôles de bruits et tire derrière lui, mais soudain Teyla resurgit en traversant une des " ombres " semblable à celle vue par Sumner. Teyla lui apprend que les Wraiths sont capables de faire voir des choses qui n'existent pas et qu'il ne faut pas se fier à ses yeux.
Au village, Sumner guette ce qui se passe au sol mais Sheppard le contacte par radio pour lui apprendre que les ombres ne sont que des illusions : le colonel ordonne alors à nouveau de tirer sur les vaisseaux, qui commencent à ouvrir le feu avec des canons à énergie. Le second du colonel ouvre le feu avec son bazooka sur un vaisseau et parvient à le détruire, mais une seconde après un autre vaisseau parvient à les enlever lui et Sumner. Teyla et Sheppard courent toujours et son à leur tour pourchassés par un rayon : Sheppard parvient à s'écarter en se jetant à terre mais Teyla est enlevée.
La Porte des Etoiles s'active à nouveau et Ford prévient Sheppard par radio : celui-ci lui demande de les laisser partir et de bien mémoriser les symboles du DHD, ce que fait le lieutenant tandis que les vaisseaux franchissent le vortex.
Sheppard arrive au village et plus exactement sur le lieu du crash du vaisseau abattu : sur ses gardes, il approche de l'épave et y découvre un bras qui parvient à bouger tout seul. Il tire dessus pour l'arrêter. A ce moment là, un des enfants rencontrés au début arrive et lui demande de l'aider, il ne parvient pas à trouver son père.
Sur Atlantis, le technicien fait des calculs devant la baie vitrée et est rejoint par Weir : il lui montre alors à l'extérieur une portion de la cité où le bouclier vient de céder, créant ainsi des bulles d'air remontant à la surface. Elizabeth retourne à la salle de contrôle et demande à McKay s'il n'y a vraiment pas moyen de gagner du temps : Rodney lui explique que la cité sacrifie certaines de ses zones afin d'assurer la protection de la zone centrale où ils se trouvent. Weir est complètement frustrée qu'ils aient à abandonner la cité, mais McKay insiste et souligne qu'ils n'ont vraiment pas le choix. Elizabeth avertit alors par radio tout le personnel qu'ils évacuent, et à ce moment là la cité tremble dangereusement : Weir ordonne à McKay de composer des coordonnées. Cependant, un vortex entrant se déclenche et l'iris est activé : le technicien signale qu'il reçoit le code du lieutenant Ford, et Weir ordonne de baisser l'iris. Sheppard franchit la Porte, accompagné de nombreux Athosiens. Weir descend dans la salle, plutôt affolée, et veut savoir qui sont ces gens : Sheppard la briefe rapidement tandis qu'Atlantis continue de trembler. Weir l'informe qu'ils évacuent, mais John pense que c'est une très mauvaise idée de retourner là bas. Il demande à l'enfant, nommé Jinto, s'il connaît d'autres adresses de planètes, ce qui est le cas. Il lui demande d'aller en composer une même si Elizabeth est sceptique du fait se son jeune âge. Une alerte s'affiche alors sur l'ordinateur de McKay prévenant que le bouclier est en train de céder. Une sorte d'explosion se déclenche et fait tomber tout le monde à terre. Le technicien veut composer une adresse mais Weir lui dit d'attendre : en effet, la cité est en train de remonter à la surface ! Peu à peu, les tours la composant se retrouvent à l'air libre, sous le regard ébahi des membres de l'expédition ! Tous sont soulagés tandis que l'eau finit de s'évacuer de la cité.
