Les Wraiths semblent proches de la victoire, mais le Daedalus arrive enfin dans la galaxie de Pegasus. Bien qu'il parvienne à repousser la première vague, douze nouveau vaisseaux ruches se dirigent vers Atlantis : la victoire est loin d'être évidente pour les Terriens...

Le Daedalus revient d'un voyage sur Terre : un accident se produit au cours duquel un scientifique trouve la mort. Ce décès est toutefois étrange, et la mort d'un autre homme d'équipage confirme ces soupçons. McKay découvre finalement qu'un virus Wraith a été introduit à bord des ordinateurs du vaisseau et pourrait bien livrer le Daedalus à leurs ennemis !

L'équipe d'Atlantis est sur la trace du Lieutenant Ford après avoir trouvé le cadavre d'un Wraith. Mais en cherchant Aiden sur cette planète aux forts UV, Sheppard et Teyla sont capturés par un soldat ultra-expérimenté s'appelant Ronon Dex. Celui-ci est un Runner, c'est à dire une proie pour les Wraiths qui le chassent où qu'il aille.

Un incident se produit sur une planète récemment ravagée par les Wraiths : McKay et le Lieutenant Cadman, nouvelle arrivante sur Atlantis, sont stockés dans un téléporteur Wraith. En tentant de les sortir de là, le Docteur Zelenka libère Rodney mais l'esprit de Cadman est également piégé dans le corps du physicien.

Le gouvernement d'une planète isole tous ses prisonniers sur une île afin que les Wraiths se nourrissent sur eux : ainsi, les habitants ont pu développer une technologie importante. Malgré ce procédé douteux, Atlantis décide d'entamer des négociations qui sont écourtés lorsque Sheppard et son équipe sont capturés par les prisonniers.

Sur une planète débastée, les Terriens tombent sur un laboratoire Ancien qui abrite un prototype de source d'énergie. Selon McKay, cette nouvelle source pourrait faire passer les ZPM pour de simples piles et renverserait l'équilibre des forces dans la bataille contre les Wraiths. Mais Rodney semble trop obstiné pour prendre les précautions de base.

Les habitants d'un village sont terrorisés par un animal qui aspire la vie de ses victimes : Sheppard et son équipe font vite le lien avec un Wraith et commencent à le traquer. Ils parviennent jusqu'à une grotte où s'abrite Ellia, une Wraith dont le côté humain est plus présent que chez ses congénères...

La morsure d'Ellia dans l'épisode "Instinct" pourrait bien avoir des conséquences dramatiques sur le Lieutenant Colonel Sheppard : en effet, John commence à se transfomer en Wraith.

Grâce au nouveau ZPM de la cité, les Terriens détectent dans l'espace un vaisseau Ancien à la dérive et décident de se rendre sur place pour éventuellement obtenir des technologies. Mais ils ne sont pas les seuls à s'intéresser à l'Aurora...

L'équipe de Sheppard retrouve le Lieutenant Ford, qui a rejoint un groupe de super-soldats comme lui : ils comptent attaquer un vaisseau ruche Wraith et pour cela, ils ont besoin de l'aide des Terriens.

Sheppard se retrouve prisonnier des Wraith suite à l'attaque du vaisseau ruche avec les hommes de Ford. McKay, de son côté, comprend que les choses se sont mal passées et veut absolument fuir de la planète où il se trouve pour aider ses amis.

Le Lieutenant Colonel Sheppard est piégé sur une planète où le temps s'écoule plus vite qu'ailleurs : il y rencontre des habitants qui semblent être des descendants des Anciens et cherchent eux aussi à pratiquer l'ascencion.

Le SGC apprend qu'un agent des Goa'uld a été infiltré au sein d'Atlantis et qu'il y a posé une bombe qui risque d'exploser à tout moment. La Terre doit prévenir la Cité des Anciens au plus vite...

Le Docteur McKay se retrouve coincé dans un Puddle Jumper qui a sombré dans l'océan : il a peu de temps avant de manquer d'oxygène, ce qui explique peut-être les hallucinations qu'il a...

L'équipe de Sheppard visite une planète protégée des Wraith par un certain Lord Protector : celui-ci utilise en réalité la technologie des Anciens et tous ceux de son entourage sont considérés comme bourgeois et ont tous les privilèges. Toutefois, un complot a été mis en place pour s'emparer du trône...

Deux capsules de survie sont retrouvées dans l'espace lors d'une mission de routine en Jumper : elles contiennent un homme et une femme en état de stase. La conscience de ses êtres est alors transférée dans les corps de Weir et Sheppard.

Le major Lorne et son équipe disparaissent lors d'une mission diplomatique : Sheppard enquête sur leur possible mort mystérieuse. Dans le même temps, Atlantis est contactée par un membre du Genii qui dit vouloir leur échanger un ZPM contre leur aide pour renverser le gouvernement actuel des Genii.

Un jeune Lieutenant se réveille à l'infirmerie, amnésique suite à son enlèvement par les Wraith. Mais cette absence de souvenirs cache une toute autre vérité en rapport avec sa nature profonde.

L'équipe de Sheppard a répondu à l'appel de détresse d'un peuple qui occupe une ancienne base ancienne. Leur situation est critique car un volcan situé sous la base risque d'entrer en éruption à tout moment : il faut alors évacuer toute la planète mais la Porte des étoiles est inaccessible !

L'équipe d'Atlantis est suprise de voir Michael revenir à bord d'un vaisseau ruche : il leur révèle que les Wraiths sont en pleine guerre civile et il leur propose une alliance dans le but d'affaiblir leurs ennemis.