Alors que les vaisseaux ruches se dirigent vers la Terre, Atlantis doit réagir pour éviter la catastrophe : l'Orion et le Daedalus sont envoyés pour empêcher les Wraiths d'atteindre leur but. Pendant ce temps, McKay, Ronon et Sheppard mettent au point leur propre plan au sein d'un des vaisseaux.

L'équipe d'Atlantis doit maintenant décider du sort des membres de l'équipage du vaisseau Wraith, qui ont tous été transformés en humains à l'aide du rétrovirus.

Sur une autre planète, l'équipe du colonel Sheppard découvre un village gouverné par un homme peu charismatique et agissant de façon malhonnête : pourtant, à la grande suprise des Terriens, tous les habitants le vénèrent. Rapidement, les membres de l'équipe tombent également sous le charme.

Alors que l'équipe visite une planète, Ronon se rend compte qu'il y est déjà venu lorsqu'il était un Runner : les habitants ont gardé une grande rancoeur contre lui car il a amené les Wraiths jusqu'à eux.

L'équipe d'Atlantis fait la connaissance du peuple Asuran : ceux-ci sont très avancés technologiquement et sont apparemment liés aux Anciens. Mais ceci cache un lourd secret qui pourrait bien mettre en danger la cité des Anciens.

Le docteur Weir se réveille dans un institut psychiatrique où on lui apprend que tout ce qu'elle croit savoir du programme Porte des Etoiles provient de son imagination. Mais Elizabeth découvre peu à peu qu'il ne faut pas se fier aux apparences...

Le colonel Sheppard se retrouve prisonnier d'un ancien ennemi, Kolya. Il doit servir de monnaie d'échange et pour cela, le Genii n'hésite pas à le torturer grâce à un Wraith.

Rodney retrouve sur Terre sa soeur, Jeannie, qui a abandonné une brillante carrière de scientifique pour se consacrer à sa famille, au grand désespoir de Rodney. Toutefois, le SGC a besoin des talents de Jeannie sur un projet délicat.

Sheppard vient au secours d'une équipe portée disparue mais une expérimentation conduite par les Wraith met en péril sa vie et celle de tous les membres de son équipe.

Les Asurans, redoutables ennemis souhaitant se venger des Anciens, parviennent à s'emparer d'Atlantis : le général O'Neill, qui avait été appelé à l'aide, et Richard Woolsey se retrouvent eux aussi prisonniers. Le docteur Weir et ses hommes doivent trouver une solution pour les secourir.

Suite de The Return part 1 : le Général O'Neill et Richard Woolsey sont retenus prisonniers sur Atlantis par les Asurans.

Deux histoires parallèles se dérouleront dans cet épisode, l'une concernant Beckett et une intervention chirugicale et l'autre McKay tentant de mettre au point un appareil de communication avec les baleines de la planète.

L'équipe du major Sheppard découvre sur une autre planète un village qui vénère un héros soit disant indestructible. Il s'avère que le héros en question est Lucius Lavin ! Mais comme toujours avec Lucius, il ne faut pas se fier aux apparences.

La force mentale de McKay augmente de façon considérable et son cerveau arrive à présent à comprendre des choses que les autres ne peuvent même pas imaginer. Il tente alors de reprogrammer le système d'utilisation de l'E2PZ d'atlantis sans que personne ne comprenne pourquoi. Mais les choses tournent mal et Zelenka est blessé par une décharge d'énergie.

Le colonel Sheppard et le docteur McKay découvrent que le jeu de simulation auquel ils jouent depuis quelques temps n'est en fait pas si fictif que ça.

Une station spatiale contenant les survivants d'une civilisation jadis en guerre avec les Wraiths est découverte. Mais lorsqu'un de ces survivants tente l'impossible pour sauver son peuple, c'est toute l'équipe de Sheppard qui est mise en danger...

C'est un dimanche comme les autres sur la base d'Atlantis, Elizabeth se permet même quelques moments de détente en compagnie d'un scientifique de la base. Tout à coup, une explosion retentit dans la cité...

L'equipe se lance dans l'exploration d'une base sous-marine créée par les Anciens. Mais leur arrivée sur la plateforme va réveiller un ennemi oublié...

Sheppard et son équipe partent enquêter sur la disparition d'un peuple ami. Sur place, ils ne détectent aucun signe de vie. Mais bientôt ils font la connaissance d'une créature mutante hostile...

Le Colonel Abe Ellis, aux commandes du tout nouveau vaisseau terrien, l'Apollo, mène une action préventive contre Asura, la planète des Réplicateurs, mais sa mission se solde par un échec et Elisabeth Weir est alors obligée de prendre des mesures radicales pour sauver Atlantis.