L'équipe de secours, menée par Samantha Carter, arrive sur la planète où l'équipe de Sheppard pensait trouver Teyla mais une nouvelle menace surgit : Michael a été averti de la présence des Terriens, par la destruction du complexe. Une bataille s'engage alors entre le Daedalus et le croiseur de Michael. Nos amis sauveront-ils Teyla et son enfant ?

Le docteur Keller a été infectée par un terrifiant agent pathogène, résultat d'une expérience menée par Michael. Le docteur Carson Beckett, sorti de la chambre de stase, met tout en oeuvre pour la sauver.

Tyre, l'ancien compagnon d'arme de Ronon, capture ce dernier et le livre aux Wraiths. Soumis à de terribles tortures, Ronon devient à son tour un adorateur des wraiths. Pourra t-il être sauvé par ses amis ?

Le Daedalus apparaît soudainement en orbite au dessus d'Atlantis. L'équipe de Sheppard découvre le vaisseau abandonné. Ils vont quitter le vaisseau lorsque brutalement, celui-ci "saute" dans une autre dimension. Les voici alors aux prises avec un terrible ennemi ...

Kracen, un scientifique Réplicateur, croit avoir trouvé un moyen d'atteindre un équivalent numérique de l'ascension. Leur conscience pourrait exister indéfiniment en temps que champs d'énergie. En tant que tels ils peuvent télécharger leur esprit dans le subspace et laisser leur corps composé de nanites se désintégrer, leur permettant de se déplacer librement dans toute la galaxie. Ils décident, s...

McKay est atteint d'une terrible maladie : il perd peu à peu sa brillante intelligence et bientôt, il ne reste plus rien du fameux Docteur McKay.

Le Colonel Sheppard et le docteur Carson Beckket se joignent à une des équipes d'exploration composée uniquement de femme, pour enquêter sur un soi-disant Laboratoire wraith. Cet épisode introduira deux nouveaux parsonnages : un militaire, le Capitaine Alicia Vega et un scientifique, le docteur Alison Porter (qui pourrait bien avoir un petit faible pour Carson).

McKay, Keller et Ronon arrivent sur une planète qui vient d'être ravagée par les Wraiths : ils sont à la recherche d'un homme, supposé être un Runner. Keller est enlevée par cet homme et découvre qu'il n'est pas seul. Une petite fille est avec lui. L'enfant est malade et le Runner veut que Keller l'aide.

La première moitié de la nouvelle saison de Stargate Atlantis se terminera avec "First Contact". Cet épisode est la première partie des traditionnels épisodes de milieu de saison, qui inclura Michael Shanks alias le Dr. Daniel Jackson en guest-star.