John Sheppard n'est pas sans rappeler le personnage du Colonel Jonathan "Jack" O'Neill dans SGC. Plein d'humour, peu sensible à l'autorité militaire (il a d'ailleurs probablement été affecté sur la base militaire américaine de McMurdoch, avec pour seule fonction de jouer le "chauffeur volant", pour cette raison), comme O'Neill, il a été impliqué dans un conflit majeur (2003, Afghanistan). Lors de son affectation en Afghanistan, il a désobéi aux ordres en "empruntant" un hélicoptère pour récupérer deux rangers coincés derrière les lignes ennemies. Son inimitié avec le Colonel Marshall Summer date de cette époque.

Il aime faire semblant de paraître moins intelligent qu'il ne l'est vraiment. Sheppard fait de son mieux pour être un gentleman, mais il combat avec détermination : il envisage toujours toutes les solutions afin de ne pas prendre de décisions à la légère. Il se méfie de l'autorité et sa morale guide ses actions.
Au tout début de la série, le major n'est même pas au courant de l'existence du projet Porte des Étoiles : alors qu'il pilote le général O'Neill jusqu'au site de l'Antarctique, un drone d'attaque déclenché par erreur par le docteur Beckett les piste mais Sheppard parvient à s'en sortir grâce à un pilotage exemplaire. Une fois sous la glace, il active accidentellement le siège Ancien et tout le monde découvre ainsi qu'il possède le gène rare des Anciens. Contrairement au docteur Beckett, il est très à l'aise dans la manipulation des technologies Anciennes, il agit presque instinctivement avec.

Il est l'actuel leader de l'équipe d'exploration, et après la mort du colonel Sumner il devient le plus haut gradé militaire de l'expédition.

Sheppard se présente la plupart du temps comme un charmeur, quelqu'un d'agréable et de sociable. Il aime les enfants, le football et les fêtes foraines ( ?). Parallèlement il assume ses fonctions d'officier le plus haut gradé avec efficacité et rigueur. Face au danger, il retrouve ses instincts militaires, mais laisse le plus souvent le bon sens et l'éthique guider ses décisions.
Sheppard aime à se faire passer pour plus bête qu'il n'est, mais en réalité sous ses airs dégingandés se cache un petit génie des mathématiques !
Enfin, dernière particularité, Sheppard est un des rares membres de la colonie Atlantis, à être porteur du gène des anciens. Il lui est ainsi possible, non seulement d'initialiser, mais aussi de faire fonctionner toutes les merveilles technologiques laissées par les Anciens. Contrairement au Docteur Carson Beckett, porteur lui aussi du gène, il possède une aisance naturelle, lorsqu'il s'agit d'utiliser celui-ci.

Au début de la saison 2, John Sheppard est promu au rang de Lieutenant Colonel.