Le docteur Rodney McKay est déjà connu des fans de Stargate SG-1 : en effet, il est déjà apparu dans trois épisodes de la série mère d'Atlantis. Il y interprétait un docteur sûr de lui et agaçant car incapable d'avouer qu'il a tort. McKay est un scientifique brillant. Il se qualifie lui-même de génie, et son ego est à la hauteur de cette qualification. Il est (avec le Lieutenant Colonel Samantha Carter dont il est fou amoureux, ce qui n'est pas réciproque !) l'un des experts incontesté en matière de porte des étoiles et d'une manière général, en ce qui concerne la technologie des Anciens.
Pour Stargate Atlantis, les scénaristes ont gardé ces aspects du personnage mais en les atténuant, ce qui les transforme en facettes très comiques. Il est tout simplement hilarant dans ses tirades et encore plus lors de ses échanges avec le major Sheppard.

Après avoir travaillé pour le Pentagone, en Russie puis sur la base découverte par l'équipe SG1 en Antarctique, il intègre l'équipe Atlantis à la tête de l'équipe scientifique.
Au début de la série, il ne possède pas le gène Ancien mais se le fait inoculer avec succès dès le troisième épisode : il peut ainsi agir sur les appareils anciens (mais moins efficacement que le Major Sheppard ou le Docteur Carson Beckett), ce qui lui simplifie sa tâche.

Célèbre parmi ses collègues pour ses réparties acerbes et sarcastiques, McKay est arrogant et hypocondriaque, mais face au danger il se révèle plus courageux que ne laisse présager son comportement.

McKay souffre d'hypoglycémie chronique et est allergique au citron. Il a appris à jouer au Piano lorsqu'il était enfant, mais a arrêté parce qu'il n'était pas assez bon.