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Synopsis :
Grâce au nouveau ZPM de la cité, les Terriens détectent dans l'espace un vaisseau Ancien à la dérive et décident de se rendre sur place pour éventuellement obtenir des technologies. Mais ils ne sont pas les seuls à s'intéresser à l'Aurora...
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Dans le mess d'Atlantis, Ronon observe deux membres de l'expédition qui jouent aux échecs. Weir arrive dans la salle et s'installe à sa table : elle explique à Dex le principe du jeu, mais il y reste assez insensible car cela manque d'action. Ronon se lève pour quitter la table et Elizabeth commence à lui expliquer que des opinions différentes ne sont pas forcément mauvaises, et que Sheppard lui a déjà accordé beaucoup de temps pour qu'il s'intègre à l'équipe. Ronon l'informe simplement qu'il avait fini de manger, et Weir se retrouve un peu stupide de sa réaction. McKay la contacte alors par radio pour qu'elle vienne voir quelque chose ; elle quitte à son tour la table.
Dans la salle de contrôle, un point clignote sur l'un des écrans : Rodney explique à Elizabeth qu'il s'agit de la signature d'énergie de l'Aurora, un vaisseau ancien. Grâce au nouveau ZPM, des systèmes auxiliaires ont été activés tel qu'un signal de rappel pour les vaisseaux, ce qui a permis de repérer l'Aurora. Weir veut savoir combien de temps il faut pour s'y rendre, mais en Jumper cela prendrait 42 millions d'années ; Sheppard propose d'emprunter la Porte la plus proche en Jumper mais cela serait encore trop éloigné. Il ne reste qu'une seule solution...
Weir négocie avec le colonel Caldwell pour utiliser le Daedalus : il souhaite laisser son équipage s'occuper de la situation mais Elizabeth tient à ce que l'équipe de Sheppard s'en charge. Elle parvient à le convaincre et il demande à ce que John et les autres soient prêts dans une heure, mais ils attendent déjà tous sur le pont du vaisseau.
GENERIQUE
Le Daedalus sort de l'hyperespace à proximité de l'Aurora : toutefois, les scanners détectent un autre vaisseau qui semble être Wraith. Il se dirige droit sur eux, et Caldwell ordonne de lancer des missiles, qui parviennent à détruire leur cible. Le colonel s'étonne que les Wraiths soient là en même temps qu'eux, mais McKay explique que le signal du vaisseau s'est réactivé et que les Wraiths peuvent le détecter tout comme eux.
Teyla aperçoit alors l'Aurora qui est extrêmement endommagé : il semble avoir perdu une bataille, et les scanners ne détectent aucun signe de vie à bord.
Sheppard et son équipe, protégés par des combinaisons, sont téléportés à bord, près du pont. Mais le pont en question est également très endommagé. Teyla interpelle John pour lui montrer de petites capsules où reposent des humains. McKay en déduit que ce sont des capsules de stase, et qu'elles doivent être protégées par un bouclier qui empêche de détecter les signes de vie : en effet, les personnes à l'intérieur sont toujours vivantes. Il y a des centaines de capsules... Sheppard demande à McKay de rétablir l'oxygène pour être plus à l'aise.
Sheppard fait son rapport à Caldwell qui est plutôt surpris : Rodney explique par radio qu'ils sont toujours en vie mais que les corps sont maintenant trop fragiles pour être sortis des capsules. McKay, en se connectant au système, découvre que les capsules sont reliées et il détecte de fortes ondes cérébrales : en réalité, toutes ces personnes communiquent entre elles. Sheppard veut savoir s'il est possible de savoir ce qui se dit, et Rodney dit que sa question est stupide, mais tout à coup il contacte Teyla qui explore le reste du vaisseau : celle-ci l'informe qu'il y a bien d'autres capsules, mais McKay en veut une vide.
L'équipe de Sheppard est autour d'une capsule vide : McKay prépare le programme afin de pouvoir lui-même être connecté au réseau et communiquer avec les Anciens. Caldwell et Sheppard ont des doutes, mais Rodney est sûr de son coup et rappelle la valeur de cet échange de connaissances. John reste sceptique et préférerait y aller lui même ; McKay est choqué, mais Teyla lui demande qu'elle serait la plus grande perte s'il y a un problème, ce qui le fait changer d'avis.
Sheppard s'installe, et Rodney lui explique qu'il devrait pouvoir sortir à n'importe quel moment en pensant très fort au retour dans la réalité. Au pire, McKay devrait pouvoir le déconnecter manuellement sans causer trop de dommages au cerveau, ce qui fait tiquer John qui est du coup moins sûr de lui. McKay active le pod.
Sheppard se retrouve habillé différemment dans une salle du vaisseau très bien entretenue : alors qu'il s'habitue à peine à ce qui lui arrive, un homme entre dans la salle et lui demande ce qu'il fait là. John se présente et commence à expliquer la situation mais l'homme le menace d'une arme et appelle la sécurité.
Sheppard est escorté jusqu'au pont où une jeune femme informe le commandant de bord que des modifications à l'hyperpropulsion ont été apportées. Le capitaine se tourne vers John et veut savoir qui il est : Sheppard explique la situation, mais le commandant et ses hommes ne semblent pas être au courant qu'ils sont dans une simulation. John se retrouve emprisonné dans une cellule : il continue de s'expliquer auprès du commandant, mais sans succès. La jeune femme informe ce dernier qu'il faut retourner travailler sur les modifications afin de rejoindre Atlantis au plus vite. John tente de les convaincre qu'Atlantis n'est plus la cité qu'ils pensent, que la guerre a été perdue mais le commandant n'en croit pas un mot et l'informe qu'ils ont découvert une faille dans la technologie Wraith. Sheppard devient tout à coup très intéressé mais le capitaine ne répond pas à ses questions et finit par quitter la pièce.
John essaye alors de se concentrer pour revenir dans la réalité : McKay l'attend et veut savoir ce qu'il s'est passé. Il explique qu'il y a une faille chez les Wraiths et qu'il doit retourner dans la simulation ; de plus il informe Rodney que les Anciens ne savent pas qu'ils sont en stase. Caldwell donne son feu vert pour retenter l'expérience.
Sheppard se rematérialise dans sa cellule et un garde rentre dans la pièce : John veut parler au capitaine afin de tout avouer.
Pendant ce temps, le Daedalus repère deux vaisseaux Wraith qui se dirigent vers l'Aurora : Caldwell avertit McKay, qui s'amuse en découvrant les secrets du programme de simulation, de la situation. Si Sheppard n'est pas revenu dans 30 minutes, Rodney devra le déconnecter manuellement afin que les Wraiths ne les trouvent pas sur place.
Le premier officier (la jeune femme) entre dans la pièce où Sheppard est emprisonné : celui-ci explique qu'en réalité il voulait convaincre le commandant de son histoire, mais la jeune femme a du mal à y croire étant donné les faits. John explique brièvement qu'ils ont découvert Atlantis un an plus tôt et y ont implanté une base ; que grâce aux détecteurs longue portée, ils ont trouvé l'Aurora et que les Wraiths sont toujours une menace. L'information à propos du point faible dans la technologie Wraith pourrait être primordiale. La jeune femme le trouve sincère et promet de parler au commandant.
Teyla et Ronon continuent d'explorer le vaisseau : ils découvrent dans une nouvelle salle un cadavre de femme sur le sol. Teyla relève la tête vers les capsules et appelle McKay pour qu'il vienne absolument voir quelque chose.
Sheppard est toujours dans sa cellule et appelle le garde : il veut savoir si le premier officier a parlé au commandant, mais celle-ci a demandé au garde d'ignorer tout ce que le prisonnier dirait. John attire l'attention du garde et se concentre pour disparaître devant ses yeux ; il repart dans la simulation quelques secondes après, alors que le garde a ouvert la cellule pour voir où il est passé. Sheppard en profite pour l'enfermer à son tour en lui empruntant son arme et son communicateur.
McKay rejoint Teyla et Ronon : entre deux capsules, un appareillage Wraith été récemment installé, et Rodney découvre alors qu'un Wraith est en stase dans l'une des capsules.
McKay, Ronon et Teyla sont de retour sur le Daedalus pour faire leur rapport : Teyla pense qu'il n'y a qu'un seul Wraith à bord. Rodney explique que les Wraiths ont dû suffisamment étudier le système de simulation pour s'y introduire en prenant une apparence humaine dedans. Caldwell veut savoir si les vaisseaux en approche sont en communication avec le Wraith en stase mais il faut qu'ils soient plus prêts. Dex et Caldwell voudraient tuer le Wraith maintenant, mais McKay réagit violemment en expliquant qu'ils ne savent pas à quel point il contrôle le système, et que cela pourrait être dangereux pour Sheppard. McKay veut retourner à bord pour en apprendre plus, et Cadwell lui laisse 15 minutes avant de détruire l'Aurora afin d'effacer toute trace.
Sheppard retrouve le commandant dans ses quartiers et tente à nouveau de le convaincre : malheureusement, le premier officier le neutralise grâce à son arme et John est ramené dans sa cellule. Le commandant commence à douter de ce qui est vrai ou non mais la jeune femme pense qu'il est fatigué : toutefois, il faut faire les modifications sur l'hyperpropulsion rapidement afin de rejoindre Atlantis au plus vite.
McKay étudie toujours le problème et se rend compte que Sheppard est inconscient dans la simulation. Caldwell veut tout arrêter mais le Wraith en stase contrôle trop le programme pour pouvoir déconnecter Sheppard sans dommages. Le colonel reste sur sa position : il faut le sortir de là car l'Aurora sera de toutes manières détruit.
McKay décide alors d'entrer à son tour dans la simulation. Il explique à Teyla et Ronon qu'ils doivent faire patienter Caldwell pendant quelques minutes encore. Il s'installe dans la capsule et se lance.
Sheppard se réveille dans sa cellule et entend la voix de McKay, escorté à son tour par les gardes. Ils sont à présent tous les deux coincés.
Ronon et Teyla patientent lorsque Caldwell contacte l'équipe par radio pour parler à McKay : Teyla parvient à inventer un mensonge en inventant plusieurs détails techniques empêchant la transmission radio.
McKay informe Sheppard qu'un Wraith se trouve dans la simulation : John pense tout de suite au premier officier car il trouve son attitude étrange. Pour accéder à l'information concernant la technologie Wraith, McKay a juste besoin d'un terminal pour se connecter. Mais avant cela il faut sortir de la cellule : Rodney se concentre, retourne dans la réalité et commence à modifier le programme. Ainsi, la porte de la cellule se désactive et les deux gardes tombent inconscients. McKay se rematérialise aux côtés de Sheppard qui est plutôt impressionné.
Ils circulent dans les couloirs et voient de loin le premier officier : une fois celle-ci partie, ils trouvent un terminal d'où McKay va pouvoir agir.
Ronon et Teyla sont de retour sur le Daedalus : Caldwell les a fait téléporter car il s'apprête à tirer sur le vaisseau, et Teyla doit alors lui dire la vérité sur Sheppard et McKay. Cadwell n'en revient pas mais Teyla lui demande encore quelques minutes, ce qu'il accepte.
Grâce au terminal, McKay découvre que le Wraith est là pour en apprendre plus sur l'hyperpropulsion : en effet, même si les modifications effectuées sur l'Aurora sont virtuelles, cela servira aux Wraiths pour modifier leurs propres vaisseaux et rejoindre la Terre. John apprend alors que deux croiseurs wraiths sont également en route. McKay ne peut déconnecter le Wraith que de l'extérieur, et il faut le faire non seulement car les vaisseaux approchent mais aussi parce qu'il sait qu'Atlantis est toujours intacte. McKay se déconnecte tandis que Sheppard va de nouveau voir le capitaine.
John arrive au pont de l'Aurora alors que les modifications viennent d'être terminées. Il tente d'expliquer au capitaine que le premier officier est un Wraith et qu'il les trompe : la jeune femme nie bien évidemment, mais elle semble avoir du mal à se matérialiser. Sa véritable nature est dévoilée juste avant qu'elle ne disparaisse.
Dans la réalité, McKay est très fier de lui jusqu'à ce qu'il se rende compte que le Wraith va se réveiller. Il s'approche avec son arme de la capsule, et le Wraith se réveille effectivement : Rodney s'enfuit en tirant à plusieurs reprises sur lui. Il se réfugie près de Sheppard, attendant que celui-ci revienne à son tour.
Sheppard et le capitaine discutent : John veut l'information, mais le commandant ne l'a jamais su, elle est enregistrée dans l'ordinateur du vaisseau qui est à présent vide. Le capitaine se rend compte qu'ils ne vont pas pouvoir être réveillés, et qu'ils ne rentreront jamais chez eux, mais il y a encore quelque chose à faire.
John revient dans la réalité, et McKay lui demande ce qu'il faisait, mais il n'a pas le temps de répondre et ouvre le feu sur le Wraith qui arrive dans la pièce. Fort heureusement, l'ennemi est abattu à temps.
Caldwell les contacte par radio pour les ramener à bord mais Sheppard demande encore une minute, alors que les vaisseaux wraiths sortent de l'hyperespace. Alors que Caldwell demande à ses hommes d'activer les systèmes d'armement, Sheppard le recontacte pour lui annoncer que McKay et lui-même sont prêts : ils sont alors téléportés directement sur le pont.
John demande à Caldwell de quitter la zone mais le colonel veut détruire les croiseurs avant : cela ne sera pas nécessaire car le capitaine a donné à Sheppard le code d'autodestruction de l'Aurora. Le Daedalus s'éloigne, tandis que dans la simulation le commandant annonce à ses hommes qu'il est très fier d'eux, et qu'ils resteront dans les mémoires. L'Aurora explose alors, emportant avec lui les deux vaisseaux wraiths.
Sur Atlantis, l'équipe fait son rapport à Weir. Le débriefing prend fin, mais avant que tout le monde parte, Sheppard tient à porter un toast à l'Aurora et son équipage.
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